1949年10月1日，开国大典宣告了旧时代的灭亡和新中国的诞生。11月中下旬，解放军主力由黔西转入川南，解放大西南指日可待。在地下阴暗的角落里，国民党军统潜伏在重庆的特务头子“老板”和他的副官李瑞山接收到已仓皇逃往台湾的国民党高层的指令，纠集特务头目，准备进行对共党高级人物实施暗杀以及对于重庆市内未及摧毁的重点目标展开破坏的“猎鹰计划”。

燕双鹰只身闯进142师师部大楼，他凭借自己敏捷的身手和过人的胆色，终于将埋伏在楼里的一群神秘狙击手逐一击毙。而这群神秘狙击手的头目竟然就是常年在国外受训，并被毛人凤秘密遣往重庆监督执行“猎鹰计划”的少将编练官程汤。燕双鹰还俘获了一个与程汤同行的女人——麻省理工毕业的军械制造专家赵雅琴。

1949年10月1日，开国大典宣告了旧时代的灭亡和新中国的诞生。11月中下旬，解放军主力由黔西转入川南，解放大西南指日可待。在地下阴暗的角落里，国民党军统潜伏在重庆的特务头子“老板”和他的副官李瑞山接收到已仓皇逃往台湾的国民党高层的指令，纠集特务头目，准备进行对共党高级人物实施暗杀以及对于重庆市内未及摧毁的重点目标展开破坏的“猎鹰计划”。

燕双鹰只身闯进142师师部大楼，他凭借自己敏捷的身手和过人的胆色，终于将埋伏在楼里的一群神秘狙击手逐一击毙。而这群神秘狙击手的头目竟然就是常年在国外受训，并被毛人凤秘密遣往重庆监督执行“猎鹰计划”的少将编练官程汤。燕双鹰还俘获了一个与程汤同行的女人——麻省理工毕业的军械制造专家赵雅琴。

“老板”得知彭水已经被我军占领的消息后略显惶恐，他试图用电台与程汤取得联系。殊不知程汤藏在留声机里的电台早已被心思缜密的燕双鹰起获。燕双鹰冒程汤之名与“老板”联系，经过一番电文往来，燕双鹰断定“老板”与程汤尚未谋面，于是制造出程汤一行已安全逃离彭水的假象。而此时，李延平也得知了程汤一行被燕双鹰击毙的消息，根据对程汤携带的文件进行分析，李延平即刻启程赶往彭水县。

为了让燕双鹰“扮演”得与常年在国外受训的程汤更为逼真，赵雅琴还教他掌握了基本的英语口语。此时贵阳传来消息，原来赵雅琴的家人早已被军统特务杀害，得知此事后丧失理智的赵雅琴将一腔的愤怒与怨气全部发泄在燕双鹰的身上，还险些误杀了燕双鹰。尔后赵雅琴痛定思痛，拒绝了燕双鹰送她回贵阳的好意，更加坚决的加入到此次卧底行动中来。

林玉仙对“程汤”的身份笃信不疑并将一行人引至她的老窝安顺寨进行休整。诡计多端的“老板”接到林玉仙的电报后却还是将信将疑，决定继续试探。通过短暂的接触，林玉仙已经被燕双鹰的成熟机智吸引，她百般向燕双鹰示好却引得逐渐对燕双鹰心生爱意的赵雅琴醋意盎然。当然，这也使得一直钟情于林玉仙的特务头目孟海马妒火中烧。孟海马借为燕双鹰一行接风之机大摆鸿门宴，纠集了一伙喽啰想让燕双鹰出丑。

赵雅琴似乎与燕双鹰走得更近了，燕双鹰甚至还向她吐露了他曾经爱过一个女人，但是那个女人却死掉了。林玉仙为了报复燕双鹰的直面中伤，只能假意投入孟海马的怀抱。头脑简单的孟海马却不知道林玉仙只是在利用他。李延平接到地下工委负责人吴玉霞和情报参谋刘庚的消息，猎鹰计划的第一步就是刺杀野司首长。与此同时，高进在重庆建立了交通站，以配合燕双鹰行动，并顺利与李延平取得了联系。

一波未平一波又起，同志们突然发现赵雅琴失踪了。林玉仙挟持了赵雅琴，企图对燕双鹰进行报复，燕双鹰顺水推舟，不仅打探得一些“猎鹰计划”的细节，还不费吹灰之力就救出了赵雅琴。获救后的赵雅琴向燕双鹰表明了爱慕之情，却并没有得到燕双鹰的正面回应。燕双鹰处处以执行卧底计划为先，却将个人感情问题抛之脑后，这使得与他朝夕相处并且爱意渐浓的赵雅琴痛苦不堪。

老奸巨猾的老板并没有露面，而是派副官李瑞山假扮自己前往十六号公寓。计划决定由燕双鹰全权负责这次行动，燕双鹰调兵遣将开始部署。而李延平也准备安排“五号”与燕双鹰接头。燕双鹰与林玉仙扮作游人到大礼堂附近拍照以便观察附近地形。林玉仙问及燕双鹰对老板的印象，燕双鹰告诉她识破他见到的老板是他人假扮，没有当面揭穿。林玉仙对燕双鹰敏锐的洞察力佩服有加。

林玉仙与赵雅琴为争得燕双鹰而产生一些摩擦，燕双鹰极力回避此事，并劝告二人将心思多用在工作上。赵雅琴心中不快却也只能听从。林玉仙却不依不饶，处处与赵雅琴为敌。并在研究具体刺杀方案时，林玉仙赌气提出冒险方案，燕双鹰当众怒斥林玉仙自私不负责任，林玉仙假意以死相逼却也被他揭穿。林玉仙气急败坏拂袖而去。

在李延平的帮助下，燕双鹰和赵雅琴潜入礼堂装上了爆破装置，同时，燕双鹰也加紧练兵，以便狙击手在爆炸的掩护下顺利完成狙杀。特务头目张保之从彭水带回消息，说共军攻占彭水时还歼灭了一个特工小分队，老板得知此消息断定燕双鹰一行是冒充的，他决定暂时中止刺杀行动。燕双鹰和赵雅琴回到公寓发现兄弟们都不在，很快他又接到老板的通知到江边废墟见面。

经过一番奋战，燕双鹰将孟海马在内的未来得及撤离的枪手悉数击毙。血雨腥风过去之后，面对着同志们的遗体，燕双鹰悲痛欲绝，发誓一定不让他们的血白流。燕双鹰与赵雅琴连夜赶回十六号公寓，却发现林玉仙守候在这里，原来林玉仙坚信燕双鹰就是程汤，且始终对他心存爱意，但燕双鹰从老板布下的陷阱中顺利脱身却让林玉仙大为诧异。燕双鹰怒斥老板错杀忠良，并誓要与之为敌。

燕双鹰拟定了新的行动计划并送到高进手中，高进得知燕双鹰手下的战士都已惨死的消息后也悲痛不已。燕双鹰单枪匹马击毙废墟的枪手并安全脱身的消息使得老板大为震惊，而此时林玉仙又带来了她与燕双鹰成功狙杀野司首长的消息，老板陷入极度的恐惧与不安之中。诡计多端的老板一面让林玉仙向燕双鹰转达自己和谈的诚意，另一方面却安排洪雪儿、吴枢斗、张保之等人跟踪林玉仙并对燕双鹰进行暗算。

最后一个杀手临死前告诉燕双鹰是张保之安排的暗杀，并告诉燕双鹰春意麻将馆是张保之的秘密联络点。老板刺杀燕双鹰不成却惊动了解放军城管部队，为安全起见，老板被迫下令关闭城中所有联络点。燕双鹰和赵雅琴来到春意麻将馆。虽然联络点都接收到老板的命令关闭了，但是麻将馆老板经不起燕双鹰的拷问，终于交待出张保之的联络人宋副官藏身于永记绸布庄。经过一番巡视和分析，燕双鹰和赵雅琴立即赶往永记绸布庄，准备一探究竟。

联络点暴露和人员伤亡让老板损失惨重，为保存实力，老板派洪雪儿和吴枢斗安排张保之出城，而燕双鹰却又提前一步来到牛角沱张保之的栖身之所。张保之使尽各种招数想要逃跑，最终还是被燕双鹰结果了性命。燕双鹰还给晚到一步的洪雪儿和吴枢斗留下一件意外的礼物——炸弹，让洪雪儿和吴枢斗不禁心惊胆寒。

张保之的死讯让老板坐立不安，目前的这种局势更是让老板觉得骑虎难下，想和解，却很难再次得到燕双鹰的信任; 继续斗法，自己一定会蒙受更大的损失。在李瑞山洪雪儿等人的建议下，老板最终决定请毛人凤出面调停此事。燕双鹰的这一系列行动取得了非常好的效果，李延平和吴玉霞决定趁此机会继续向敌人施加压力。

景标带着如常翻墙逃进一个院子，这院子不是别处，正是燕双鹰和赵雅琴藏身的十六号公寓。景标和如常急于逃命，一言不合就跟燕双鹰交起手来，景标本是袍哥，也教过如常一些拳脚功夫，但他们怎能是燕双鹰的对手。不打不相识，一番交手，燕双鹰看出这叔侄两个不是坏人，景标虽然隐藏了自己的袍哥身份，燕双鹰却依然仗义出手赶走了方五桥一票人，将景标和如常搭救下来。

燕双鹰觉得事有蹊跷就找到景标询问，景标这才道出了自己和如常的真实身份，并将霍杰扣留货物招来杀身之祸，刘天龙想以如常为要挟逼霍杰的妹妹锦玉交出货物的事情全盘托出。知道了事情的来龙去脉，燕双鹰决定继续帮助他们。在景标和如常的掩护下，燕双鹰潜入船长室顺利盗取了轮船上的管道分布图。刘天龙正计划着如何抓住如常，要挟锦玉交出货物以便向住在另一间特等舱房的雇主交差。

如常摆脱方五桥等人的纠缠顺利回到管道入口，与燕双鹰和景标汇合，燕双鹰准备前往特等舱房一探究竟。赵雅琴和林玉仙一直守候在燕双鹰的仓房，燕双鹰迟迟未归，争风吃醋渐渐转变成对燕双鹰的担心，二人准备展开行动在船上寻找燕双鹰。燕双鹰通过如常打开的舷窗顺利进入特等舱房，却惊异的发现这个扮作病人的雇主贾老板仿佛与老板有着千丝万缕的联系，正疑惑间刘天龙等人却出现在他的面前。原来狡猾的刘天龙早就料到会有贵客降临。

赵雅琴和林玉仙联合起来，责怪燕双鹰行动之前未曾与她们沟通，以至于她们一直为燕双鹰的安全担忧，并贸然的展开寻找。面对这样一个尴尬的联合阵营，燕双鹰却道出了他的惊人发现：原来化装成重病之人上船的雇主贾老板就是老板！赵雅琴与林玉仙惊诧不已，而燕双鹰却表示找到这批货后会亲自送到老板的手上，以消除以前的种种误会。

燕双鹰从医生的讨论中得知老马叔等人得的是非常可怕的霍乱病。燕双鹰和景标惊诧不已，连夜赶回济仁堂药店进行查探。根据药店里的蛛丝马迹，燕双鹰断定锦玉曾经在这里暂住。燕双鹰在药店角落里发现一个印有日文的药瓶碎片，正疑惑间，一条黑影蹿进了药店。一番交手，燕双鹰制服了来人，景标这才发现来人正是自己千辛万苦寻找的锦玉!原来锦玉受哥哥霍杰之命前往长春接货，却发现交货的竟然是日本人。

凌晨时分，一名身患重疾的男子潜入医院药房偷窃药品，此人正是失踪的中村一郎。此时，一路跟踪燕双鹰和林玉仙的洪雪儿等人灰溜溜地回到安顺寨，老板对程汤和林玉仙的行踪愈加怀疑，他决定即刻启程赶往宜宾。燕双鹰如约来到刘天龙的老巢，施展绝技将其掠为人质，刘天龙为保小命只得交出一百根金条。而此时，货物正安全地藏在龙王祠堂地下，其余众人也为寻找并擒拿中村一郎做好了准备。

燕双鹰等人与管理员一起对医院各处进行了谨慎地排查，却没有发现中村的蛛丝马迹。众人沮丧万分，燕双鹰突然回想起一个细节：药房的窗台上并没有中村逃走的脚印，他恍然大悟，请来孙医生和药房管理员共同上演了一出好戏。果然，进入晚上，当管理员假装巡视完毕离开药房后，躲在药品柜里的中村很快败露了踪迹。燕双鹰追问中村关于霍乱病毒的细节，中村却闪烁其词，甚至辱骂中华民族。

老板一到宜宾便面见了袍哥刘天龙，当他获悉程汤一行人卷入了霍杰事件，而货物正埋藏于龙王祠堂地下时，他以金钱为诱饵，要求刘天龙带领手下袭击红星医院，杀人灭口以绝后患。在燕双鹰等人毫无防备的情况下，刘天龙的人马包围了医院，一场恶战即将展开，鹿死谁手命悬一线。深夜时分，吴老海等人持枪械对红星医院展开了猛烈的袭击，许多病患被打死，锦玉和景标被生擒，林玉仙带着如常顽强抵抗。

刘天龙老巢内，正当他与老板为报酬问题产生争执时，手下传来消息说并未在龙王祠堂找到货物，刘天龙不由得感叹“猎鹰”的可怕。老板心生疑惑，询问此人来历，最终惊觉“猎鹰”正是失踪的程汤。锦玉、景标和如常被幽禁在刘天龙的老巢里，他们意识到自己的行踪定是为内奸所泄漏。如常坚信师父会来救他，而沮丧之极的锦玉认定燕双鹰就是内奸。

洪雪儿等人找到了燕双鹰等人所在的旅店——通达旅社。燕双鹰准备展开行动，并请赵雅琴代发一封机要电报，而这一切，被跟踪两人的林玉仙看在眼里。为了引蛇出洞，燕双鹰只身回到通达旅社。伙计说有两拨人来找过他，后来的那位先生留给他一包烟，燕双鹰大喜，这包烟正是五号情报员与其通信的泰山牌。李瑞山洪雪儿等人开着汽车一路追踪燕双鹰，燕双鹰将计就计上了汽车。就这样，隔空争斗的燕双鹰和老板终于再度会面了。

内心几番争斗，林玉仙决定向老板告发燕双鹰的真实身份。锦玉三人与燕双鹰重聚后，对他感激涕零。燕双鹰告诉他们奸细是林玉仙，并告知货物藏在龙江村往北三里的老船坞，请他们前往取回。燕双鹰独自来到江滩进行交易，如约而至的却不是老板，而是副官李瑞山。会面后，老板话中有话，燕双鹰应付自如，岂料老板当面拿出被林玉仙截下的那封电报，燕双鹰的共产党身份彻底暴露。

正当刘天龙一伙人准备搬运货物时，暗处突然传来枪响，数十名黑衣人举枪出现，将其包围。来者不是别人，正是洪雪儿和吴枢斗及其手下！一场恶仗就此展开，双方损失惨重。仓皇逃命的刘天龙、景标和吴老海遭到神秘枪手的狙击。在太平旅馆，老板提出优厚的待遇，试图收买燕双鹰。洪雪儿、吴枢斗带着货物回到太平旅馆，发现手下人数猛减后，本来欣喜万分的老板变得疑惑不解，区区赵雅琴等人怎会有如此能耐。

老板被生擒，风雷行动顺利完成。搜查旅馆的过程中，解放军发现了藏在密室内的另一批二号病毒。锦玉、雅琴等人终于与燕双鹰团聚，狙击刘天龙的正是雅琴。李延平在秘密会议上宣布风雷行动结束，燕双鹰和李瑞山恢复了真实身份。当务之急是迅速将老板押至重庆，会议讨论采取“暗度陈仓”之计，燕双鹰留在宜宾吸引敌特，李延平、吴玉霞以及李瑞山负责运送老板，货物则被保管在宜宾军管会。

在安顺寨，燕双鹰在老板密室发现了一个收发电报的耳机，然而这个耳机与寨内的电台型号并不符合，燕双鹰立刻嗅出了异样的气息。经过搜查，他找到了藏匿于写字台中的微型电报机。更可怕的是，他发现老板竟掌握着自己与总部的联络频率，事实表明党内有奸细，他所经历的一切不过是一场阴谋。押送老板的船遭遇了伏击。敌人的突袭令解放军措手不及，负伤的吴玉霞在昏迷中看到杀手模糊的身影，来者竟似燕双鹰。

伤势不重的吴玉霞回到军管会，王主任向她汇报了燕双鹰枪杀战友、抢走病毒之事，再加上被袭时的印象，吴玉霞断定内奸就是燕双鹰！被囚禁的燕双鹰向看守的战士讲述了真相，并用自己的一身武艺向他们证明自己并非凶手，班长赵铁刚不信任的态度有了改变。匆匆赶来的吴玉霞与燕双鹰当面对质，无奈她被仇恨蒙蔽了双眼，成见已深，燕双鹰只好以暴力方式逃出军管会。

赵雅琴和中村历经艰难回到招待所，正巧碰上了林玉仙，三人一进房间却发现解放军早已守候在那里，三人被软禁起来。全市范围内的搜捕行动正式展开，目标直指燕双鹰。燕双鹰准备从水路到重庆，正要上船却发现解放军前来搜查，只得作罢。关键时刻，最危险的地方反倒是最安全的，燕双鹰没有去被解放军严密关注的小旅店，而是用假名住进了宜宾最豪华的宾馆。

被囚禁的赵雅琴三人推测出事情有变故，他们决定逃出军管会的控制，前往帮助燕双鹰。逃跑计划的实施过程中，看守的战士竟然主动放行，原来负责人正是班长赵铁钢，他相信燕双鹰的清白。王主任发现了燕双鹰的踪迹，追捕立刻展开。燕双鹰不愧是老道的特工，他提前与斜对面的客人交换了房间，在宾馆与昔日的战友展开一番混战。

燕双鹰带着莎莉来到大厅，遭遇了黑狼的伏击，幸而燕双鹰早有准备，上演一出狸猫换太子的好戏，占了上风。原来给打恐吓电话给莎莉的正是黑狼，莎莉的父亲是重庆有头有脸的人物，而且与共产党的关系不同寻常。敌特正是看中了这一点，派黑狼杀死莎莉而后嫁祸给燕双鹰，让共产党更加决绝地追捕他。黑狼万万没有想到，燕双鹰正是为了引蛇出洞，才亲自来找莎莉并定下狸猫换太子之计。

去凰山的路上，莎莉绞尽脑汁想要逃跑，她哪里是燕双鹰的对手，后者不费吹灰之力便制服了她。莎莉偷偷丢下的佩花指引了急行部队，他们在前方不远处的山道上发现了燕双鹰与莎莉的行踪。燕双鹰占据高处，吴玉霞等人难以招架，只得静候时机，哪知燕双鹰早就带着昏迷的莎利金蝉脱壳。吴玉霞和战士们无一人受伤，众人对于燕双鹰的手下留情感到诧异。

林玉仙终于找到了钥匙启动了快船，船并没有开得太远，因为他们还要等待燕双鹰。燕双鹰将敌人引至老屋，他吃惊地发现莎莉并没有按照他的嘱咐离开此地。燕双鹰与王主任一众敌特展开厮杀，王主任被他击中。阴险毒辣的黑狼突然出现，劫莎莉为人质。燕双鹰佯装莎莉对他毫无用处，给黑狼施加压力，黑狼只好提出两人各留一颗子弹进行决斗。黑狼使诈，却敌不过燕双鹰的神机妙算，被后者击中，然而燕双鹰也负伤，偷袭他的是未死的王主任。

在没有麻药和手术刀的情况下，燕双鹰凭着惊人的毅力要求进行手术，孙医生用燕双鹰的刀顺利取出子弹，燕双鹰的性命得以保住。几天的朝夕相处以及生死经历。军管会召开会议，各位领导反省了自己的工作，吴玉霞提出当下的四项工作，一是取消对燕双鹰的通缉，二是追查王主任身份，三是抚恤死去战士的家属，四是将赵铁钢调入风雷小组。

赵雅琴、林玉仙和中村被押至刑场，开枪令下后，枪中却没有子弹，原来这是老板为了惊吓他们而故意安排的。老板再次要求赵雅琴制造炸弹，雅琴竟然答应了。原来雅琴心中已经有了逃走的计划，炸弹是这个计划中的重要工具。莎莉开船抵达重庆的九号码头，燕双鹰赶她回家，莎莉欲留不得，一气之下离开了燕双鹰。莎莉与父亲久别重逢，一时间委屈辛酸涌上心头，伤心痛哭。

吴玉霞找到锦玉，并询问她燕双鹰的下落，锦玉认为吴玉霞是来抓捕燕双鹰的，因此拒绝协助他们。锦玉和如常在江边小屋找到了燕双鹰，三人见面分外高兴。如常童言无忌，透露出锦玉对双鹰的思念之情。锦玉协助燕双鹰来到高进所在的杂货店，在如常的指引下，燕双鹰与高进终于久别重逢。燕双鹰向高进交待了押送老板的天风号被袭以来的大概情况，指出吴玉霞就是奸细，并告诉他自己的藏身之处，请他送来武器和药品。

正当李延平颇为得意时，却发现吴玉霞率领部队将小屋重重包围。原来燕双鹰已经思考出真相并策划了“请君入瓮”的好戏。燕双鹰放心不下赵雅琴，因为李延平身份的确认也就意味着林玉仙并没有弃暗投明，她一直是老板忠实的走狗，雅琴和中村处境堪忧。李延平被捕后，燕双鹰立刻赶往防空洞与老板和黑狼进行最后的战斗。最终，燕双鹰销毁了病毒、击毙了黑狼和林玉仙，抓获了老板，然而雅琴和中村却为此献出了自己的生命。