天柱会要地——赤瞳镇，被机器人组成的黄金军团所占领。为了阻止秘密武器落入敌手之手，天柱会决定对赤瞳镇进行轰炸。然而，情报中心的指挥官疾风对这个决定心生犹豫，不忍心看着无辜的民众和黄金军陪葬。于是，他派遣自己的弟弟——星火，拦截一辆黄金军团的押送车。这一决策得益于神秘人“邮差”曾经与疾风进行过通讯，他透露那辆车中的押送人员掌握着进入赤瞳镇的方法。在一场惊险的战斗中，星火成功截停了押送车，并解救出车内的姑娘——善柔……

为了避免天柱会对赤瞳镇进行轰炸，疾风决定派遣星火进行秘密行动。他的目标是找到并炸毁秘密武器发射井，从根源上解决问题。然而，善柔起初并不愿意配合，直到偶然间看到一张照片后才勉强同意。在善柔的引领下，星火进入赤瞳镇的秘密通道，二人向发射井进发。不料途中他们遭遇到赤虫的袭击，陷入了危险之中。经过顽强的战斗，二人齐心协力，成功逃脱了赤虫的包围。与此同时，黄金军团的首领——雨人已经启动了发射仪式……

星火和善柔来到发射井准备安装炸弹。然而，在安装过程中，他们意外发现发射井的底部藏匿着一群难民。炸弹已经准备就绪，但对于是否要救出这些无辜的难民，星火和疾风产生了分歧，最终星火做出决定，执意救出难民。善柔负责掩护，星火找机会溜到了井底，不料他却被卷入一个意识空间中。善柔勇敢地突破包围，成功救出星火。与此同时，炸弹开始爆炸，摧毁了大部分设施。最后一刻，雨人还是发射了那个神秘的武器……

疾风的抗命行动终于暴露，天柱会长老派遣龙飞司令前去逮捕疾风。同时，指挥中心数据库因遭到入侵而启动自动防御系统，这个系统将会杀死指挥中心内的所有人员。为保护内部人员，疾风与副指挥官张伟前往数据库关闭防御系统并查明真相。不料，疾风发现原来入侵数据库的人竟是张伟。他不愿与疾风一起违抗长老会命令，意图偷走关键资料交给长老会只求自保。与此同时，龙飞已经攻入了指挥中心，疾风陷入绝境……

疾风为了阻止张伟发送情报给长老会而追到天台，但龙飞突然出现，一枪打倒了张伟。他告诉疾风两件要事：其一，真正的敌人是长老会；其二，雨人手里的武器是天柱会丢失已久的大杀器——浑天。疾风答应龙飞，以带罪之身寻找浑天的关键部件——能量晶石。之后疾风来到早先与星火约好的地方——青硫镇。这里他遇到了青硫镇导游——大白狗和他疯疯癫癫的爷爷——老白，在爷孙俩的带领下，疾风找到等候在此的星火和善柔，并得知他们逃出赤瞳镇的经历和善柔妹妹——善梦的下落。正当几人为未来的计划而担忧时，老白突然发起了疯，并嘴里默念“邮差“。疾风听到后大惊，原来，透露天柱会高层有奸细的，以及约他来青硫镇的人，就是邮差......

星火众人从大白狗口中得知，老白是被一个名叫虚川的机器搞坏了大脑。为了弄清楚邮差身份，疾风在大白狗的带领下找到虚川。当二人来到虚川所在山洞时，却意外发现，虚川竟然是一台有自我意识的机器。疾风识破虚川诡计、拒绝让它成为宿主的请求后，虚川大怒，与疾风、大白狗开战。至此疾风明白了，原来虚川的自我意识来自于老白，它只是老白意识的复制体。为了哄骗疾风来青硫镇，它把老白脑中的秘密泄露给疾风，所以疾风苦苦追寻的邮差——就是老白。就在此时，星火、善柔发出请求支援的信号。原来黄金军团的侦察兵已经杀到了青硫镇，疾风命令星火、善柔保护好老白，并火速前往支援。荒原中，雨人带着已经成为他手下的善梦，正快速地向青硫镇驶来......

疾风和大白狗从虚川返回小屋，救下星火、善柔和爷爷老白，谁料老白竟突然清醒，怒斥疾风破坏了虚川，导致自己的记忆只能再维持半小时。而关于晶石最重要的信息，就在自己的记忆中。为了找到晶石下落，疾风冒着失去自我意识的风险，进入老白的记忆中。同时，大白狗开着球坦，载着星火、善柔、及已进入记忆空间的疾风、老白，与跟过来的黄金军团展开追击战。老白的记忆空间里，疾风来到了十几年前能量晶石丢失的那一天。原来，当年老白和两位科学家（旵千山和阿青），仨人都被孟玄安排在荒石基地研究能量晶石。他们在研究过程中发现了晶石的异样、还未继续深入时就被长老会发现，并派杀手来到荒石基地抢夺晶石。疾风在老白记忆的深处看到，原来出卖这个荒石基地秘密的，正是老白自己；而被杀手打伤后逃跑的旵千山就是雨人，被杀死的科学家阿青则是善柔、善梦的母亲。与此同时，在现实空间中，几人乘坐的球坦闯入沙尘暴中，星火善柔在颠簸中掉到车外，由雨人率领的黄金军团已然追了过来……

雨人带着善梦来到青硫镇，找到之前给他传递信息的虚川，并将虚川能够进入人类大脑的功能，移植到了善梦身上。星火、善柔与雨人手下-莫森打斗时不小心掉入一个秘密地洞中，并遇到了不知名的危险生物……与此同时，疾风从老白的记忆空间醒来，发现龙飞带着天柱会士兵赶来，而在之后的交谈中，疾风发现了疑点，这并不是真正的龙飞。原来，现实中的雨人已经抓住了疾风、大白狗和老白三人，他正通过善梦进入疾风的大脑中，制造出自己是龙飞的假象。疾风在自己的记忆空间发现雨人假冒龙飞而大怒，发誓要与雨人同归于尽，但结果却使得雨人和自己分别跌入了对方的记忆深处。在那里，雨人见到了自己“被烧死”的儿子，并没有死；而疾风则看见了逃跑的旵千山被孟玄改造，并取名为雨人……

意识空间里，雨人旵千山和疾风见到彼此的记忆都大为吃惊，不料已成为龙飞走狗的张伟带着天柱会士兵赶来捉拿雨人，黄金军为保护雨人进行反击。与此同时，星火、善柔在地下实验室与莫森展开追击，意外遇到一个半人半虫的怪老头。此人战斗力极高，三下五除二就干掉了莫森。星火与他交谈时发现，这个人竟是当年神秘失踪的天柱会大长老——韩奉。韩长老向星火控诉，自己与孟玄斗争失败后，被孟玄关在地下实验室，并由脖子上的一个项圈控制不能离开特定范围，一旦离开项圈就会爆炸。老韩央求星火帮助自己关掉实验室系统主机，星火假装答应，却带着善柔趁机逃跑。逃出后的星火、善柔找到空无一人的球坦，晶石也不翼而飞。青硫镇传来炮火声，星火、善柔迅速前往，并遇到了已被黄金士兵杀死的老白以及痛哭流涕的大白狗。而雨人正在发动能量晶石之力，想要毁灭所有人。情急之下，疾风、善柔同时扑向雨人只为阻止他……

硝烟散去，星火和善柔被张伟救下，但疾风却不见了踪影。星火坚信疾风没死，失去爷爷的大白狗却心灰意冷的离开。心怀鬼胎的张伟邀请星火、善柔跟随自己回天柱会，原来他怀疑消失的晶石跟善柔有关。就在张伟安排手下检查善柔身体之际，星火为带走善柔闯入车内与之搏斗。危机之时，善柔身体里突然迸发出一股力量，打飞张伟、逼停了车队。与此同时，一个布满无数焦炭尸体的洞穴中，重伤的疾风竟然躺在不远处……

疾风醒来后发现自己身处黄金军团中，雨人把自己的记忆展示给疾风看；当年他（旵千山）从杀手手中逃离，但妻儿被抓。营救失败后，为避免妻儿遭受虐待，他无奈用一把火点燃牢房。不料他的儿子并没有死，还被长老会收养并取名为——疾风，原来疾风竟然是黄金军团首领——雨人的儿子！而此时的雨人，也因之前的数次大战已生命垂危。临死之前他将秘密交给疾风，疾风也接受雨人授意，成为新的黄金军首领。与此同时，为躲避张伟的追击，星火、善柔再次回到韩长老所在的地下实验室，并成功解除了束缚韩长老的爆炸项圈。追踪至此的张伟被韩长老打败，落荒而逃。老韩为感谢星火善柔，告知晶石与宿主相关的情况，并给了一张地图后，与二人道别离开……

黄金军团基地，莫罗向新晋成为黄金军首领的疾风汇报重要讯息——孟玄计划与长老们举行青春水仪式。深谙天柱会做事习惯的疾风意识到，如果要把他们一网打尽，这将是一次再好不过的机会。于是他带着雨人留下来的录音，等在丁长老的必经之路上…… 与此同时，星火根据老韩给的地图，急速前往能救善柔的那个地方，不料途中风火号出故障竟抛了锚。为寻求帮助，星火只身来到附近一个空无一人的兵站，却遭遇到大王虫群的攻击，幸亏善柔及时赶到，二人合力突围。原来，星火不顾安危只为拿到能修好风火号的零件，从而快点找到将晶石从善柔身体里取出来的办法，善柔得知感动不已，两人关系升温。

孟玄启动青春水仪式的目的，就是为了获取长老们控制“棱镜系统“的密码，拿到密码就能掌握浑天。不料前来赴约的丁长老，早已拿到孟玄与雨人的密谋录音，也得知了孟玄利用雨人建立黄金军的最终目标，就是为了对付长老会从而让自己独揽赤星大权。可狡猾的孟玄并没现身，只让与自己达成交易的龙飞出面，来骗取“棱镜系统“的密码。丁长老不从，一番打斗后，丁长老被龙飞挟持，最后被赶来的疾风解救。就在丁长老要把密码作为回报、交给疾风时，龙飞突然诈尸，抢走密码并上传到设备。与此同时，飞艇上的孟玄如愿得到了控制“棱镜系统“的密码…… 荒原上，正在赶路的星火和善柔再遇偷袭。然而，爆炸中的一个碎片却让星火看懂了老韩的地图：原来，能取出善柔体内晶石的地点——就在天柱会的情报中心。

面对张伟带领龙卫队的袭击，善柔不断利用体内晶石力量进行反击，可每一次反击都带来强烈的反噬。为保护善柔，星火主动投降，张伟意欲处决星火、向龙飞复命之际，却得知了龙飞的死讯、以及疾风成为黄金军新首领的消息。危机关头，赤虫突然袭击崩溃的张伟，星火趁机干掉龙卫队，并挟持张伟带路去情报中心，以找出帮善柔取出体内晶石的方法。另一边，疾风从丁长老口中套出了浑天的秘密，被疾风解救的游弋为了报答他，也被其纳入麾下。 星火等人赶到情报中心，发现疾风率领黄金军早已埋伏此处，但疾风却刻意不见星火，并趁星火被困陷阱之际，向善柔游说，意图借用善柔体内晶石力量，杀掉孟玄为亲人报仇。善柔为保护星火及妹妹善梦，告别星火，跟着疾风登上孟玄的飞行指挥舰……

疾风带着昏迷的善柔在飞舰上见到了孟玄，孟玄告诉他关于长老会及浑天的秘密，并承认自己当年为了权力，选择做了长老会的傀儡，但现在他只想邀请疾风一起来对抗长老会。疾风假意答应，在突袭孟玄时却遭遇失败。另一边，大白狗来到情报中心找张伟，意外救下了被困的张伟，也遇到星火、善梦等人。星火得知疾风将善柔带走的真正意图后，愤怒不已，决意带善梦开着飞机、找到空中飞舰去救善柔。疾风与孟玄在飞舰上苦战，就在孟玄差一点就把善柔带走之时，星火终于赶到……

赤瞳镇，长老们与疾风达成协议——只要疾风交出善柔，长老会则让他接替孟玄成为新一任首领。与此同时，得知晶石提取方法的星火前来营救善柔。危机关头，星火救下善柔，并将晶石转移到自己身体里。疾风赶来与星火大打出手，并告知缘由：长老们原是异星种族，科技水平极高，只有牺牲善柔、获得浑天力量，才能对抗他们。得知真相的星火决定帮助疾风，不料在“枪击”长老们之后，他才发现长老们的本体不在此处，长老们根本没死。空中，被疾风派往飞艇的游弋也确认并报告：长老们已派出异化虫群要毁灭赤瞳镇和众人。为阻止长老、星火选择牺牲自己。于是，通过善梦已取得控制密码的疾风启动了浑天、成功摧毁长老的飞艇，为报疾风救命之恩的游弋也同时牺牲。然而，浑天启动后，使得疾风失去理智，哪怕毁掉赤星也在所不惜。此时，善梦发现妈妈留下的晶片并找回记忆、认出了姐姐善柔，告诉善柔只要毁灭棱镜系统就可以阻止疾风……最后关头，善柔驾驶飞行器、试图撞毁棱镜之时，已进入超粒子态的星火把善柔弹出驾驶舱，自己驾驶飞行器撞向棱镜系统，拯救了赤星。