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1948年9月12日，辽沈战役爆发。民主联军摧枯拉朽势如破竹，横扫白山黑水的东北大地，国民党精锐主力相继覆灭。北平城看上去虽微波细浪，但实质却是翻江倒海。由于叛徒出卖，中共北平地下党组织被国民党保密局破获，国民党保密局北平站行动组组长万林生得知外五分局机要科的郑朝阳系中共的地下党，随即直冲警察局抓捕郑朝阳。巡长宗向方是郑朝阳在警校的同学，闻讯之后奔到郑朝阳家报信。郑朝阳从容撤离，万林生气急败坏下令全城搜捕郑朝阳。郑朝阳到联络点找到上级罗勇让他赶紧撤离，郑朝阳说保密局代理北平站长徐宗仁准备投诚，其手里有保密局的潜伏人员名单。决定冒险留下来拿到名单。
西柏坡西黄泥村，来自华北地区的一百零八位县团级的干部齐聚一堂，强将汇聚，尤其是苏联留学回来的白玲，其与众不同的思维和独特的行事作风引起众人的关注。但郑朝阳对这种留学回来满嘴理论的知识分子却有着本能的轻视。北平，万林生四处带人抓捕地下党，一片白色恐怖。中央决定社会部情报保卫人员培训班结业，赶赴北平接管。保定，北平市公安局正式成立，罗勇告诉郑朝阳摆在他们面前的是国民党各个特务组织留下的大小特务将近两万人。任务十分艰巨。
在食堂帮厨的小混混儿齐拉拉因为私自往羊汤里倒十三香成为怀疑对象。郑朝阳、白玲和郝平川调查审讯齐拉拉。郝平川难改军事风格，简单粗暴认定齐拉拉就是犯人，齐拉拉不断的喊冤，遭到白玲的训斥，双方大吵。郝平川气愤之下去调查齐拉拉的身份，结果跟齐拉拉说的一样，他向白玲道歉。郑朝阳则冷眼旁观，他感觉白玲已经发现了线索，三人去现场排查，白玲拿出专业的器材勘察现场，制止郝平川不要乱走动破坏现场，并拿出手套让她戴上，大老粗的郝平川很看不上这套。白玲在自来水管的连接处发现了蛛丝马迹，白玲的发现和自己的发现不谋而合。最终查到学校的维修工老黄有重大嫌疑。
郑朝阳等108人进城分头接管警察局，郑朝阳回到原来自己潜伏的外五分局，马上开始依照自己掌握的名单逮捕城内潜伏特务。保密局留下的五个潜伏小组被一扫而空。罗勇在大礼堂给旧警察做报告。中途得到消息，有人抢粮。郑朝阳和郝平川去处理抢粮事件遇见了哥哥郑朝山，两人匆匆相见还来不及叙旧郑朝阳就赶往粮店。原来奸商哄抬物价，现场有很多旧警察却袖手旁观。郑朝阳跟大家讲明政策，并承诺一定会稳定粮价。郝平川对于旧警察的态度非常气愤。罗勇要郑朝阳警惕保警总队，并派白玲加入工作组。郑朝阳心里不情愿但也没办法。
齐拉拉从保定骑到北平找郑朝阳要加入警察，门口遇到郝平川，被本来就看不上他的郝平川拒绝。齐拉拉恨恨离去。扬言总有一天会回来。郑朝山是青年民主促进会的会员，得知几位会员被特务杀害赶到现场，遇到正在勘察现场的白玲。齐拉拉在胡同中意外看到被绑架的冼怡，一路跟踪，混进绑匪中解救冼怡。郝平川根据黄包车的牌号找到冼怡被关押的地点。冲进大院击溃绑匪。郑朝阳救下冼怡。对齐拉拉的机智勇敢也非常的欣赏。
郑朝阳终于回到自家。正巧遇到秦招娣给郑朝山修炉灶。秦招娣看到郑朝阳内心惊惧，但还好郑朝阳并没有太多怀疑。、郑朝阳和郑朝山两人谈论着新中国和各自的信仰，不知不觉，天色已晚。金城咖啡馆，万林生送来了电台和武器经费。从咖啡馆出来的万林生被人认出，万林生狼狈逃窜。正好遇到刚从哥哥家出来的郑朝阳，郑朝山也看见了万林生。 万林生被包围，眼看无处可逃，迎面遇到郑朝山，万林生以为郑朝山是来营救自己。没想到郑朝山极快的挥出一刀。
郑朝山想起自己杀万林生后似乎被人看见。他借口回家拿病案，重回杀人现场，看到飞虎抓的痕迹和弹孔。顿时万分紧张。 法医鉴定，杀死万林生的刀伤很奇特，郑朝阳想起哥哥是研究冷兵器的专家，找郑朝山咨询凶器的来历。郑朝山说这种刀伤只有一种独特的廓尔喀弯刀才能造成。郑朝阳想起和哥哥打篮球时哥哥穿的回力球鞋。而凶案现场也发现了回力球鞋的足迹。郑朝山说球鞋踩上屎扔了。随后郑朝阳在胡同的垃圾堆里寻找球鞋未果。
郑朝阳等人开会研讨应对保警总队可能的叛乱。提出“攻心战术”瓦解保警总队。保警总队的杨副官收到密条，让他去御香园接头。已知秦招娣真实身份的郑朝山决定把她留下帮自己。郑朝山化妆来到御香园见保警总队的杨副官，小东西去送茶点看到了杨副官赶紧报告了再这里蹲点的警察，小东西自告奋勇去偷听他们的谈话，不幸被段飞鹏发现，郑朝山下令段飞鹏灭口。小东西逃出御湘阁跑到警察局报警，被看门的旧警察哭丧棒气走。遭遇段飞鹏追杀。齐拉拉和郑朝阳赶来营救。齐拉拉身中数刀生命垂危，郑朝阳衣服也被割破多处，郝平川及时赶到，段飞鹏隐遁。
白玲接到敌台025的讯号，破译出杨凤刚在翠宫院迎接叛军。但是没人知道翠宫院是什么地方。 冼怡叫郑朝阳帮自己解除婚约。郑朝阳麻烦白玲帮忙去处理此事。白玲去见冼登奎帮冼怡解决婚事问题。冼登奎对白玲一副顺民的样子言听计从。白玲在冼登奎家却意外发现了“翠宫院”线索，推测出杨凤刚和保警总队汇合的最终地点——平西的七爷坟。宗向方掌握了粮商屯粮哄抬粮价的证据并人赃俱获立了大功，多门一帮旧警察赞扬宗向方替他们争口气。商会会长魏樯知道屯粮事情败露，为了洗脱自己交出了屯粮粮店老板的名单。对照名单打击了扰乱社会秩序的不法商贩，粮价也回归平稳。
郑朝山计划利用白玲被绑架吸引警方出动找人兵力分散的时机，叫保警总队爆炸军火库后趁机攻杀公安局，之后撤出北平和杨凤刚汇合。在准备去寻找白玲下落的时候，郑朝阳接到一个电话，对方告诉他白玲暂时不会有危险，郑朝阳通过一张废弃的“鸭票子”找到白玲被绑架的线索，顺藤摸瓜的找到了何敬奎，在齐拉拉的帮助下从而找到了藏密白玲的地方，成功解救了白玲。郝平川则和保警总队副大队长老孟联手将军火库内的保密局特务全部逮捕。老孟是我党多年前派遣的地下特工。被救下的白玲却告诉郑朝阳，还有一个爆破组隐蔽在军火库外。
齐拉拉得知自己在保警总队爆炸现场捡到的火柴是城里的西餐厅咖啡馆专用的，带着宗向方的照片找到金城咖啡馆，经理乔杉让袁硕跟踪齐拉拉，他看见齐拉拉进了别的咖啡馆才放弃跟踪。 在小教堂的忏悔室里魏樯对郑朝山之前的行动失利表示不满。在公安局的大院里老孟和郑朝阳终于见面了，原来老孟就是我党多年前派遣在保警总队的地下特工，宗向方知道了显得很惊讶。郑朝山买菜回来看到秦招娣在忙着挂红旗很是郁闷。朝阳来给哥哥送回力球鞋，但吃饭的时候郑朝阳对破获保警总队的事情出言不逊令郑朝山心生不满，兄弟俩想法相左，话不投机。
刘海去给谢寡妇家送外卖，段飞鹏暗中观察，这让在饭馆吃饭的多门产生了怀疑，回到公安局他告诉了郑朝阳，郑朝阳马上部署了人力抓铺瞎猫，他让刘海送外卖去谢寡妇家，不巧再要行动的时候遇见了郑朝山，朝阳随便寒暄了几句离开，瞎猫听到信儿翻墙逃跑，段飞鹏紧追瞎猫，齐拉拉发现瞎猫逃跑也赶紧追了上去，郑朝阳一行人闯进屋内时，瞎猫已经逃跑了，齐拉拉抓住了瞎猫的同时段飞鹏也赶了过来，但郑朝阳抢先一步抓住了瞎猫。
北平开始打击“粮老虎”，很多奸商被抓。郑朝阳从奸商的往来账目中发现了杨凤刚的驻地——平西沙子口旧矿场。郑朝阳化妆粮食商人一路做了记号到旧矿场见到杨凤刚，杨凤刚知道郑朝阳是警察。郑朝阳则冒充自己是中统骗过杨凤刚，但还是被关押起来。在关押处发现了冼怡竟然也关在这里。矿场外，包围圈完成。矿场里，杨凤刚获悉郑朝阳说谎。下令连冼怡一起处决。这时，冼登奎带着委任状来和杨凤刚谈判。城里，郑朝山从旧警察多门的口中探听到郑朝阳带人抓捕杨凤刚的情报，紧急给杨凤刚发报撤离。
郑朝山告诉张朝阳他已经和秦招娣订婚，碰巧白玲带小东西到郑朝山家里来找郑朝阳批条子去看齐拉拉，白玲看到秦招娣对其容貌有点怀疑，郑朝阳留下吃饭，在家里白玲看到郑朝山在业余剧团演戏的照片，郑朝山也想趁机测试一下小东西能不能认出自己，了解到小东西的家里已经没有什么亲人了，宴席散后白玲送小东西回家路上，小东西说自己看郑朝山一个动作和凤凰很是相似——听人说话的时候习惯性的侧头。白玲想起郑朝山的一只耳朵是聋的。难道凤凰会是郑朝山？回到公安局白玲打电话给慈济医院的人事处要调郑朝山的个人档案。
白玲发现景福商行很可能是国民党一个大的潜伏小组，暗中监视调查这个小组，齐拉拉得知后奉命化妆进去侦查，但马上被特务识破给他抓了起来。商行的伙计于泽认出齐拉拉是保定的小混混，认为他绝对不是公安。而老板张孝先很明感的感觉不对劲，所以计划马上撤离，并且要杀齐拉拉灭口。情急下，齐拉拉机智的逃走了。郑朝阳带人夜里去突击景福商行，逮捕了张孝先，可是于泽却逃走，追捕过程中齐拉拉开枪击中了于泽，郝平川对齐拉拉的懒枪法突然变神枪感到很诧异。
张孝先交代出于泽曾经给一个代号025的人送过电台，两人是同学。说自己怀疑是齐拉拉有问题。因为齐拉拉很早就认识于泽，尤其是当晚那一枪打的太准了，他实在是觉得太过奇怪。郝平川到了到案发现场勘查，居然发现了第三个弹孔，这说明当时有人开了第三枪。但郝平川对齐拉拉的怀疑仍旧没有完全解除。原来开枪击毙于泽的是宗向方，宗向方本来想杀掉齐拉拉，但是看到齐拉拉成了被怀疑的对象后，觉得还是留着齐拉拉给自己当挡箭牌比较好。郝平川找齐拉拉，告诉其于泽的死弹道专家给出结论了，于泽不是齐拉拉打死的。之后，郝平川把自己心爱的左轮手枪送给了齐拉拉。
郑朝阳和郝平川外出西山的路上，路遇剿总警卫团的人往香山告状。二人觉得事情不妙决定分头去报警。由于他们的及时通报剿总警卫团才很快就被解除武装了。郑朝山和郝平川返程途中想在山货铺购买点山货，却发现店主是桑红和未婚夫小何有点不对劲儿，郑朝阳敏感的发现小何非常紧张，感觉这里一定有问题。郑朝阳继续调查桑红母亲钟春红的案子，和白玲重返案发现场勘察，发现了重要线索——三张画像。郑朝阳和白玲、多爷一起到天津查找小何的身份真相，原来他是何方舟过继的儿子何良，何良原本在坐牢，但是天津动荡时期他的档案被国民党给烧了，但是多爷在他家后院翻到了何良的材料。
郑朝山准备了药给小何，让他用药控制桑红，桑红吃了何良的药已经完全被他控制住了。青龙桥李记山货铺，郑朝阳和郝平川二人缉拿小何，小何不知去向。而此时的山道上，桑红目光呆滞的在山上走着。对周围的邻居视若无睹。郝平川下令封锁道路抓捕小何。郑朝阳突然反应过来，要抓的是桑红。郑朝阳找到桑红，郑朝阳发现其身上绑有炸弹。众人无策时郑朝阳灵机一动，用冷水泼醒了桑红，将其制服。小何化妆逃脱时被抓，交代其引诱桑红，诱使桑母得妄想症自杀，将桑红变成“人体炸弹”在首长回家的路上搞袭击的经过。公安局会议室，罗勇、郑朝阳、郝平川、白玲开会。没有找到小何的上线，但发现其手法上像是桃园行动组。白玲对“凤凰”进一步分析，提出该人喜欢“戏剧”的可能。
两人到茶馆说起往事，姨妈来北平是追查卫孝杰被杀的案子，但苦无头绪，筋疲力尽。秦招娣回医院宿舍洗衣服，老秦劝慰秦招娣赶紧把事情定下来，却意外发现秦招娣手上的伤疤是新伤，顿时生出怀疑。秦招娣胳膊上的伤疤是其儿时受伤。当时还是当中医学徒的老秦亲自给治伤。秦招娣意识到老秦的怀疑，也开始对老秦警惕。秦招娣在医院试探老秦都和院长说了什么，得知老秦只是请假回内蒙老家。但她在老秦办公室门口偷听到老秦在给公安局电话，但最后却什么都没说。神父要郑朝山尽快除掉朝阳这个绊脚石，所以朝山开始秘密计划栽赃郑朝阳，他让段飞鹏假扮电工到公安局档案室把朝阳的旧档案放进去，这样就可以栽赃陷害朝阳是特务。
在婚礼当晚，郑朝山给趁秦招娣不注意给她下了药，谁知秦招娣早就有所警惕把药吐了出来，确发现原来郑朝山在地下室秘密发报，得知原来他是特务，她很惊讶不知所措。调查小组分对张朝阳身边的齐拉拉、宗向方、郝平川、多门、冼怡等人进行调查，还有一份郑朝阳亲笔签名的文件，说明他已经同意被吸纳为中统特务，但是郑朝阳极力否认了签名是他本人签的。郑朝山给郑朝阳送饭。希望郑朝阳退出警界出国留学。被郑朝阳拒绝。冼怡到公安局接受调查，替郑朝阳喊冤，结果在调查的过程中跟调查组产生了冲突被关起来了，齐拉拉找到白玲求情，想让她帮郑朝阳说两句好话，但是白玲坚持原则，要继续调查到底。
白玲去找陈教授，碰见了多门派去妓女上门找陈教授要钱，白玲回到公安局找到多门和齐拉拉还有郝平川，多门承认是他让齐拉拉去保卫处去偷的坚定笔记的母本，因为上面有陈教授的签名，他为了证明郑朝阳的笔迹鉴定是存在问题的，别人也都可以临摹他的笔迹冒充他的签名，在白玲的推测下，这个签名是郑朝阳二十五岁时的签名，他们来到机要科的档案室，几个人要在这里找到这个签名为郑朝阳洗脱罪名，但是这个当年郑朝阳亲笔签名的文件已经被郑朝山给烧掉了。 秦招娣回家带着砂锅居的砂锅给郑朝山吃，两人谈起未来的生活。在郑朝山即将吃的时候被秦招娣制止，之后砂锅被秦招娣摔碎。郑朝山看着蹲在地上捡砂锅碎片的秦招娣眉头紧锁。
朝阳第一时间来荒宅勘验，在一处房顶上发现有瓦片上有洞眼儿但是不知道是怎么形成的，同时还发现有一辆可疑交通工具—马车，通过分析基本肯定郝平川不在这个院子里。宗向方和多门发现了马车，在上面提取出重要的证物，案件有了重大突破。地牢里，红衣女孩儿给郝平川送饭，郝平川探寻究竟。郑朝阳在根据下下水道线路图，想到排查郝平川失踪附近有谁家曾经自己挖过防空洞，他怀疑郝平川有可能被关在某一个地下的防空洞里了，同时在马车上留下的红色布条，通过化验是蜀锦的面料，一般是用来做戏班子的戏服，马车上的污渍也是一些可燃物品所致，而且发现当年绑匪写给福山贝勒家的勒索信是有人特意用左手写的。在地牢里郝平川设计想通过抓住红衣女能够逃出去，但是被神秘人发现计划失败了。
郑朝阳终于找到孟庆贵藏身的地方带兵突击发现了地牢，地牢里孟庆贵正准备杀了郝平川，结果反被郝平川打的满地找牙，在郑朝阳和齐拉拉赶到的时候，孟庆贵选择自焚，最后红衣女一刀刺死了他。审查组的老姜查到了写反左书的人——破落贵族雪山。更意外发现郑朝阳冤案的线索。由此断定郑朝阳是被人陷害。郑朝阳正式归队。郑朝山通知025电台——烤鸭店伙计刘海给杨凤刚发报，启动天雷计划。但025发报被白玲监听到，却因为时间太短来不及锁定。西郊发电厂被杨凤刚特遣队炸毁。罗勇将发电厂被炸和电车厂被烧并案侦查。嘟噜又来找张超要印子钱，郑朝阳他们帮着解了围。
王一本到旅店和发电厂供销社女老板幽会，女老板转达了凤凰的意思叫其除掉白玉兰。郑朝阳找多门，说怀疑王一本是杀死兰格格的凶手。郑朝山制作了毒口红准备交给白玉兰。没想到王八爷带着王一本的老婆到医院闹事。无意间破坏了郑朝山毒死白玉兰的计划，原来口红被医院的清洁工捡到，她涂了口红当场毙命。这叫赶到的王一本十分吃惊。王一本晚上要灭口白玉兰，被事先埋伏的郑朝阳抓获。王一本耍无赖不交代，郑朝阳设计逼王一本就范，交代指示孟庆贵利用发现兰格格的尸体，扮鬼火烧电车厂的罪行。自己的上线是发电厂供销社的老板娘。乔杉请示郑朝山是否撤离，但郑朝山叫其暂时不动，咖啡馆吸引了警方的注意，正好可以掩饰他马上要开展的下一个行动。
郑朝阳到家里向哥哥询问店员的事情，郑朝山一口否认。但提供一个线索，店员可能是广东人。 冼登奎和段飞鹏谈判，冼登奎在逼迫下同意掩护袁硕出城，他们的谈话被躲在内室的冼怡听到。冼怡发现父亲竟然与特务搞在一起，顿时如坠冰窖。内心异常纠结，但是她毅然给郑朝阳写匿名信告知袁硕的藏匿地点。 公安局众人开会讨论店员袁硕的藏身何处，收到秘密举报，指出警方要找的人在花市一带。郑朝阳、郝平川、白玲、齐拉拉等人到花市一代以检查电路为名入户侦查。而这时，代数理告诉郑朝阳老秦的失踪和秦招娣可能有关系。
宗向方得知店员被捕的消息极为惊恐。决定铤而走险冒险一搏。袁硕被捕后拒不开口，宗向方用药毒晕看守袁硕的警察，让袁硕也假意中毒好趁机逃跑，之后自己也服下毒药晕倒。袁硕被紧急送到医院，却在抢救室打倒医生后逃走。但是，袁硕在即将逃出医院的时候被郑朝山割断了喉咙。 郑朝阳等人受到罗勇的训斥。小警察三儿因为有嫌疑被关押。三儿向大家讲述了中毒的经过。罗勇怀疑有内鬼，白玲怀疑宗向方用苦肉计因为经过警察毒素在他体内停留的最短。郑朝阳再次询问三儿买早点的情形，晚上，宗向方在医院病房躺着，却被找来的郑朝山威胁。原来正是宗向方自作主张把店员引导到医院，致使郑朝山不得不冒险下手。
白玲到医院给郑朝山看凤凰的画像，郑朝山冷静面对，并邀请白玲到自己家里去看资料。代数理奉命搜查秦招娣家。秦招娣紧张，想办法阻拦。这时郑朝山和白玲也到家看到搜查，郑朝山告诉秦招娣尽管看好了。之后，代数理在后院发现掩埋的痕迹，秦招娣紧张万分。但郑朝山一脸淡定，白玲冷眼旁观。最后发现，坑里只是一只死狗。此事过去，郑朝山微笑和白玲谈着凤凰下次出现的可能，郑朝山叫白玲不要轻敌。而秦招娣猜到是郑朝山帮了自己，所以烧毁了火车票，真心想留下跟郑朝山过平常人的日子。郑朝山外出被一个穿工装裤的人尾随跟踪，郑朝山甩掉跟踪。而跟踪人是秦招娣。秦招娣来到火神庙姨妈的住处，姨妈叫秦招娣尽快做决定要不就走不了了，秦招娣告诉姨妈她想弄清郑朝山的真实身份。
多门和齐拉拉将他们带回警察局，张彩莲承认父亲是自己找人撞的，但是丈夫肯定不是自己杀的，张彩莲走后夜里被发现她和女儿的尸体被扔在枯井中。这一点出乎郑朝阳意料，大家继续调查案情。并查找买烧饼的秃头小贩，怀疑和段飞鹏有联系。这时，宗向方叫齐拉拉和他一起搞调查。而郑朝阳和郝平川研究案情，发现马国兴身份特殊。秃头小贩金三被段飞鹏送走。可金三悄悄返回到御香园找妓女藏身。多门带郑朝阳去找地下赌场的六爷打听小贩的消息，六爷说最近从天津来了 一个玩药的叫金三，人就躲在御香园。郝平川到御香园抓住金三，金三供认是段飞鹏指使他干的。
郝平川来派出所领齐拉拉，派出所所长说马五爷已经向派出所做了“自新登记”。并说自己收到密信说有专员来取军火。被抓的江湖混混就是所谓的军统专员。从马五爷家取出来的军火威力很大。郝平川指出马五爷接到密信后按照时间等待军统专员，没想到齐拉拉上门。郝平川怀疑齐拉拉和特务有染。夜里齐拉拉突然被一帮自称保密局北平站行动组的人绑架，同时被绑架的还有宗向方，威逼利诱他俩为保密局做事，两人都不妥协，那人将宗向方拖出去枪毙，齐拉拉宁死不从想夺枪反抗，就在这时郝平川出现了，原来是郝平川设计测试他俩。罗勇知道后大发雷霆，斥责郝平川怎么能这么对待同事。
郑朝山告诉郑朝阳马五爷是先被麻药针剂刺伤之后才遭受的暗算。并在马五爷的指甲中找到皮屑，帮助郑朝阳锁定了嫌疑人可能是个女人。随即警方调查出马老五经常去御香园，郑朝阳和郝平川决定派人侦查，宗向方主动请缨。宗向方发现金城咖啡馆在出租屋内藏匿的武器、密电码本、毒药、黄金、美钞等特务活动器材和经费。郑朝阳认为桃园行动组就快断粮了。宗向方在御香园发现了老鸨子金围脖儿有重大嫌疑，秘密搜查其卧室，发现了重要线索。郝平川带人冲进御香园，发现金围脖失踪，宗向方从纸灰中发现了金围脖儿的去向——前保密局北平站站长徐宗仁家。
白玲请郑朝阳吃饭，说出自己当初对郑朝阳的怀疑和对郑朝山的怀疑，郑朝阳惊讶。白玲表示鼹鼠的出现使郑朝山的嫌疑解除了。郑朝阳从白玲家出来，想着白玲说的话，发现其中有漏洞白玲没有发现。郑朝阳到郑朝山家，说自己准备搬回家来住。在秦招娣走后对郑朝山的家秘密搜查，发现了地下的密室，但室内空空如也。郑朝山回家发现郑朝阳去过时下的密室。郑朝阳怀疑哥哥是特务，精神紧张，路遇秦招娣，得知其广东姨妈要来探望，约定第二天来家里吃饭。白玲在公安局接到电话，是广东姨妈打来，因为火车停在另一个站点找不到人，因此给郑朝阳打电话。白玲决定自己去接广东姨妈。
多门家小院。耿三娘子在做大绸子花以庆祝七一党的生日。张超娘子杜十娘出来帮忙，絮絮叨叨的说着老母的好处。多门烦躁和杜十娘言语冲突。多门出门散心，遇到郑朝阳。郑朝阳是来给多门道歉的，两人在院内喝酒聊天，意外发现段飞鹏在勘察地形。郑朝阳跟踪段飞鹏被发现。郑朝阳受重伤，段飞鹏逃走。段飞鹏狼狈跑回安全屋，带着正在做炸药的咖啡馆经理乔杉撤离。郑朝阳被紧急送进医院，多门痛苦不堪。郝平川带人搜查段飞鹏的安全屋，发现残留的黑火药，想到可能和前几天烟花厂的爆炸有关。
段飞鹏安排乔杉在密室养伤。宗向方跟踪段飞鹏。找到乔杉杀掉，并伪装成乔杉自杀的样子。郑朝阳交给罗勇一份关于郑朝山的调查报告。罗勇叫郑朝阳暂时不要对外宣布，对郑朝山这种民主人士要慎重处理。以后有什么情况可以直接向他汇报。郑朝阳从郑朝山家中搬走。郑朝山告诉他这里是他永远的家。郑朝阳转身告诉郑朝山乔杉死了。叫其抽空到局里去一趟协助尸检。宗向方回到家发现郑朝山已经坐在其家里。郑朝山告诉宗向方，乔杉是海军出身，他打的绳结不会是这个样子。宗向方狡辩，被郑朝山用刀顶着喉咙。警告这已经是他第二次擅自行动了，事不过三，再有一次就叫他下地狱。郑朝山走后，宗向方忍不住剧烈呕吐。
尽管郑朝山给了自己为什么出现在北海后门的合理解释，但郑朝阳已经断定哥哥就是特务。内心十分纠结痛苦。郑朝阳带人围剿李能，李能被郝平川活捉。但张山已经潜伏在郑朝阳的身后准备射击，郑朝山突然出现干掉了张山。医院停尸房郑朝阳和白玲掀开白单，瞬间凝固，张山的伤口又是和万林生、马老五一样的那种。郑朝阳和白玲面面相觑。而两人后面的门口还站着郑朝山。脸上更是如一潭死水。1949年9月27日，北平改称北京。“北京市人民政府公安局”在锣鼓喧天鞭炮齐鸣之中更换了牌子。
魏樯开车来到商会的库房，秘密潜入小教堂和郑朝山见面，质问张山的死。郑朝山百般抵赖。魏樯叫郑朝山马上实施“熔岩计划”来策应南边的战事，实在不行杀几个警察也可以，总之，是得闹出点儿动静来。白玲在张山的行李箱中的发现了郑朝阳的照片，断定张山的目的其实是来刺杀郑朝阳。郑朝阳得知张山的目的和他的离奇死亡，知道这些一定和郑朝山脱不了干系，情绪激动之下跑到医院质问哥哥是不是他救了自己。郑朝山警告郑朝阳你是人民警察，凡事要讲证据。郑朝阳意识到了自己的冲动，嬉皮笑脸说自己是在和大哥开玩笑，被郑朝山轰了出去。
假姨妈卫夫人到货站寻找线索被郑朝山抓获。临死前告诉郑朝山其实秦招娣早就知道他是保密局的人。郑朝山震惊。郑朝山处理掉假姨妈卫夫人的尸体，见到秦招娣的时候神经绷紧，对秦招娣处处防范。秦招娣看到郑朝山的奇怪之处，隐约感到出事了。秦招娣秘密查找郑朝山和神父见面的小教堂。宗向方从绸缎庄的凶案现场找到半枚指纹，查阅国民党警察局遗留的指纹档案，找到其中的一个杀手的档案资料，杀手来自天津。秦招娣发现假姨妈卫夫人失踪，焦急之余很快想到是郑朝山捣鬼。对郑朝山开始警惕。两人之间的关系越发的微妙敏感。
郝平川通过调查，发现每个月的12号魏樯都固定要去商会的仓库盘库，时间大约2个小时。郑朝阳发现仓库隔壁就是教堂。郑朝阳来到教堂，了解到魏樯和郑朝山都是在12号去教堂，他下令盯住小教堂。魏樯安排司机住进到安全屋，却被化妆成李把头的杨艺跟踪。杨义告诉自己的夫人，已经抓到了郑朝山最重要的把柄。再也不怕郑朝阳袒护郑朝山了。没想到夫人身患重病。需要国外的特效药治疗。杨义到公安局举报郑朝山，郑朝山被抓。尔后杨义突然又装疯迫使公安局释放了郑朝山。杨义把当年拍下的照片给郑朝山看，并说出他知道窦司机的藏身之处。他告诉郑朝山他跟踪过他，开车撞过他，但现在他想用两条命来换一条命，要郑朝山帮忙想办法去香港买药。郑朝山被迫同意。
小教堂内，郑朝山叫魏樯马上转移，但魏樯不置可否。反而强令“熔岩计划”马上启动。郑朝山叫魏樯帮助自己去香港买特效药。郑朝山安排杨义夫人住院。杨义知道夫人命悬一线，合盘托出自己租下隔壁的房子，化妆成火车站的李把头出去调查和监视郑朝山，令郑朝山极为惊讶。郑朝山发现杨义将重病的妻子接回了家。急忙跟踪而至。发现杨夫人已经不治而亡。杨义万念俱灰，开枪自尽，临死前告诉郑朝山自己藏胶卷的地方。但郑朝山赶到的时候发现胶卷已经被人拿走。警察局里，罗勇、郑朝阳和白玲等人正在研究五年前杨义在大街上离奇被撞的案情。忽然接到报告说郑朝山来报案说杨义死了
锦西葫芦岛，空投下来的保密局中校专员刚一落地就被俘，保密局在沈阳到锦西一带的潜伏特工被一网打尽。在专员身上发现了长辛店车厂技师马国兴丢失的笔记本。消息传到北京，罗勇叫郑朝阳马上到葫芦岛将专员押解回京。郑朝阳和白玲、宗向方等人前往葫芦岛，见到中校专员，得知其竟然知道桃园行动组的老大是谁。但专员以此为由要求谈判。罗勇指示，谈条件没可能。但暂时不要刺激他，先押回北京再说。宗向方得知消息后极为震惊。公安局审讯室对中校专员的审问开始，专员摇摆不定，郑朝阳镇定自若，宗向方心惊肉跳。中校专员终于交代商会会长魏樯就是桃园行动组的“大先生”。
郑朝阳拎着酒瓶子乐呵呵的跑来和郑朝山喝酒。他先是给郑朝山道歉，并请郑朝山去给刘海做尸检，信誓旦旦说公安局上上下下对郑朝山都很信任。口若悬河，说得郑朝山云里雾里。搞不清弟弟葫芦里卖的什么药。郝平川则找罗勇说郑朝阳已经快要没原则了。罗勇批评郝平川做好自己的事。别像个娘们儿似的絮叨。弄得郝平川一头雾水又很是委屈。宗向方办案回到公安局，受到夹道欢迎热烈鼓掌。同时，郑朝阳告诉宗向方，组织上对宗向方的考察已经结束，鉴于这段时间的表现，将要正式开会讨论他的入党问题。宗向方回到办公室，齐拉拉来道歉，坦然的说起自己以前对宗的怀疑，后来知道都是错的。谈起以前两人一起被郝平川假绑架，感到十分的委屈。
旧地图到了杨凤刚的手里，杨凤刚很快就注意到旧地图上那条废弃的旧地道。不但可以避开外面的密集守卫直通长辛店的小礼堂。突袭完毕之后可以沿着密道退回，之后炸毁密道阻挡追兵。杨凤刚犹豫再三，终于决定对长辛店实施突袭。机车厂外。杨凤刚特遣队在段飞鹏的接应下潜入密道来到小礼堂外。 杨凤刚带人冲进小礼堂。发现礼堂内空无一人。大幕拉开，大幕后面是两挺马克沁重机枪，黑洞洞的枪口对准毫无准备的杨凤刚特遣队。郝平川站在重机枪后面，大喊缴枪不杀！跟着伏兵四起。杨凤刚明白，这是一个精心设计的陷阱。
宗向方考虑再三还是决定潜逃。刚刚翻墙出来就被魏樯的司机拦截。宗向方被魏樯带到郑朝山的面前。这是魏樯和郑朝山的交易。魏樯走了，宗向方看着头上的绞索感到万种凄凉。天明时分，郑朝阳带人搜索到小树林，看到上吊自尽的宗向方。郑朝阳找罗勇商议，希望劝降郑朝山，叫他站到人民这边来。罗勇批准了郑朝阳的计划。罗勇告诉郑朝阳。三分局刚刚破获了意大利人安东尼和日本记者坂本龙一的用改装迫击炮轰炸国家机关的阴谋。两人交代，都是接到候鸟的启动信号开始行动的。说明新的行动组已经启动。如果郑朝山能站到我们这边，协助找到候鸟，将会有很大的好处。
白羽真人的丑陋面目被彻底揭穿，教徒们群情激奋要痛打白羽真人，教徒中的张超娘子杜十娘精神奔溃摔倒在地。躲在远处观察的魏樯傻了，他精心策划的计划就这么破产了，魏樯紧急撤离。太平道被铲除，杜十娘也清醒过来，重新绽放出笑容，准备登台演出。张超喜极而泣。郑朝山与秦招娣计划着第二天出逃，两人分头行动，化妆离开北京逃往日本。郑朝山在约定的地点没有等到秦招娣，急忙返回家中，途中看到了魏樯。魏樯叫郑朝山明天去六国饭店，中共某重要领导人要和民主人士开茶话会，郑朝山是民主人士，也会受到邀请。到时候郑朝山把自己变成炸弹，来个自杀式的袭击。否则，就给老婆孩子收尸。
郑朝山看着秦招娣的尸体，泪如泉涌。审讯室，郑朝山面对老罗、白玲、郝平川，介绍自己就是“凤凰”，并讲述着自己在德国留学时参加军统的历史。一个曾经的热血青年，一个忠贞的民国的守护者。最后，一切归于寂灭。郑朝山突然来到魏樯的安全屋，质问他为什么炸药出了问题没有爆炸。 郑朝山率先冲锋，掩护魏樯冲出包围，魏樯的司机战死。魏樯和郑朝山跑到安全屋，让他把段飞鹏找来，三人研究新的计划，打算春节期间在水里投毒，再搞个大爆炸。为此，魏樯不惜调动城里新的冷棋特工，与共产党决一死战，提出重赏之下必有勇夫。郑朝阳收到郑朝山给的新的冷棋特工名单，与罗勇进行商议。
郑朝阳得知谢汕失踪了，一定和冼怡的失踪有关系。多门来报告说谢汕其实一直在冼登奎的赌场和烟馆、妓院中抽头儿，黑帮会的钱。小东西和齐拉拉在外吃饭，大嘟噜突然出现要饭吃，用谢汕的藏身地换卤煮。齐拉拉和代数理摸到谢汕的秘密驻地，发现谢汕正准备去见段飞鹏。齐拉拉决定暂不动手，叫代数理回去报信，自己跟踪。谢汕找到段飞鹏，段飞鹏押着冼怡上了谢汕的车，用假证件出城。齐拉拉躲在后备箱里，扔出腰带做信号。汽车出城后，谢汕找机会想干掉段飞鹏，却被段飞鹏抢先下手打死。段飞鹏带着冼怡逃亡，齐拉拉突然向段飞鹏袭击，救出冼怡。并死死缠住段飞鹏，最后两人同归于尽。郝平川赶到，抱着齐拉拉痛哭。
郑朝阳与郑朝山分析候鸟的能量绝对不止这些，前段时间抓出来的冷棋从社会地位上看并不高，而且比较零散，和桃园行动组的能量比起来差距很大，很可能是候鸟给公安局制造的烟雾。郑朝阳分析魏樯可能也是候鸟制造的烟雾弹，郑朝山在桃园行动组这么久没有一点候鸟的消息，朝阳决定智诱候鸟。警方在秦招娣在多门家的租用房内，发现了白玲追踪很久的幽灵电台049。还有台湾行动组的委任状以及武器等。根据郑朝山提供的线索，警方又在秦招娣经常去的火神庙后面的枯井中找到了医院后勤科老秦、假姨妈卫夫人的尸体。秦招娣特务的身份坐实。郑朝阳宣布秦招娣就是桃园行动组的成员之一——凤凰。
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