汇泽侯府五十万两白银神秘被盗，县太爷闻讯急传女牢狱卒铁飞花前往勘验。铁飞花是臬司府捕头铁苍龙之女，天资聪慧，精通医术，自创一套依据痕迹描摹现场的查案方法，并能通过脉相和经络判断人言语的真伪。铁飞花受命赶到汇泽侯府勘察，不料，却遭到侯府管家的奚落，铁飞花一怒之下命丫鬟柳儿掌掴管家以示惩戒，铁飞花的言行作派让众人咋舌。

按察司陈清明不查漕案却与浙江巡按御史道宁中则联名上奏纠劾藩司违制之举。一时间，江南众官员人人自危。为了百姓， 铁苍龙求自己的好友老迷糊帮他搜集线索。侯府盗案告破，铁飞花却意外发现了一具兵士的尸体，她推断名兵士的身份为漕船上的兵士，并主动请命将尸体送往杭州禀报上宪。

老迷糊无意中得到刘兆良参与谋反的信札，不料，却被一直跟踪他的快意堂好汉劫走。吕中发现可藉机要挟刘兆良的书信丢失，唯恐落入铁飞花手中。便设计掌控铁飞花。铁飞花无意卷入漕案，并想介入案件的调查，铁苍龙深感案情庞杂，不想铁飞花卷入，送她出城返回汇泽。

许慎接受吕中的举荐，特铨铁飞花为臬司衙门捕快，追查刘兆良与漕粮、漕银的下落。铁飞花因得罪了总督府捕房捕头司徒寿而无法领牌当差，便和柳儿请命即刻前往南京追查刘兆良下落，各方人马闻讯，也都派出手下赶往南京。

捕快仇九向陈清明禀报，“飞天神盗”将在当夜子时于一条挂有红带的渔船上分赃，陈清明命铁苍龙实施抓捕。铁苍龙情知有诈，却只能缄口领命。铁苍龙告诉女儿真正的“飞天神盗”就是她的三师父老迷糊，渔船捉拿盗贼是个圈套。

铁飞花带着马六逃出城外，被各衙的官兵、捕快团团围住，马六未及说出司狱下落便中箭身亡。铁飞花不敢杀人，只想夺路逃走。恰逢九洲侯的钦差仪仗经过，随行的钦差副使都察院左都御史方谨却看出被围捕的女子只想夺路并不想伤人，猜想必有隐情。

总督许慎将司狱的亲信全部下狱，严刑拷打。捕快马六托人传信给铁飞花，说他知道司狱的下落。铁飞花到牢中查验，见马六所说具是实情，便答应劫他出狱。总督府师爷温印泉闻知铁飞花劫狱，大惊，传令各衙门派兵缉拿。

铁飞花识破了掌持的缓兵之计，追踪邵道长而去。几度交手，斗智斗勇，铁飞花略胜一筹，将邵道人迫入石屋。邵道人终不肯背信弃义出卖曾有恩于三才宫的刘兆良。铁飞花苦苦规劝，漕案关系民生疾苦，晓之以理动之以情，终于令邵道人顿悟，悔过，当铁飞花追问刘兆良下落时，邵道人却已自断经脉身亡，终未透露刘兆良的藏身之处。

铁飞花回到三才宫，抓住带头的陈升，逼问出了刘兆良行踪的重要线索。不料，时限将至，铁飞花只好连夜潜回杭州，找杨小檐帮忙盯住宴会上与她有联络的人，查找幕后主使。她怀疑欧阳蛟要让她在宴席上刺杀的就是钦差大人。

铁飞花没有找到父亲和柳儿，欲逼问欧阳蛟及手下，欧阳蛟竟然令弓弩手朝自己放箭，并自断经脉装死，骗过了铁飞花。众杀手也个个视死如归，凛然正气，铁飞花迷惑不已。铁飞花听说父亲武功虽废，性命无碍，一颗悬着的心才放下。

铁飞花她们赶往刘兆良的藏身处。吕中派人前去南京找刘兆良逼问漕粮的下落，又派亲信虞风去杀掉铁苍龙嫁祸给九侯爷，让铁飞花和九侯爷的积怨更深。高旗一行跟踪时发现沿途留有暗记，不知何人所为。铁飞花等人刚来到一处小宅院门外，便遭偷袭，掌持中镖身亡。

铁飞花得知父亲死讯，直闯钦差行辕，九侯爷震怒下令格杀，方谨极力劝双方冷静。但都司府已派出重兵护驾，势成骑虎。幸得老迷糊赶到，抖出金绳助铁飞花脱困。漕案迷雾重重，吕中、方谨均已陷入其中不得要领。

铁飞花路遇险情，幸得龙三的救助，但铁飞花却看不惯龙三肆意杀人的做法，以道不同不相为谋为由，与龙三分道扬镳。柳儿惦记小姐，悄悄溜出客栈，如意也偷偷跟在她后面，要与她一起去闯荡江湖。铁飞花带着明免死铁券直奔开化，寻找快意堂。

快意堂到达仙游虽然是有备而来，但他们对于冢原柳穗的情况实在是了解甚少，古铁英假装逛窑子前去怡红楼打探虚实。冢原柳穗对着前来逛窑子的古铁英，威逼利诱，盼得古铁英带着快意堂可以投诚。

叶老人正给铁飞花讲述宋思贤用古铁英冒充堂主，杀叶知秋，众舵主内讧的经过时，猛然发现有人偷听，铁飞花飞身追去，偷听者神速奔行，铁飞花飞纵拦截，却发现对方的武功奇特，面对突然消失的人影，铁飞花感到疑惑不解。此时，正叶老人飞身赶来，认出对方用的是东瀛忍者的功夫。

铁飞花来仙游的目的是寻找快意堂，然而，快意堂无踪无影。仙游的情形又复杂奇怪。铁飞花断定快意堂与怡红楼会有联系。龙三找到铁飞花，想共同使用倭寇武功秘籍。杨小楼领命前去四方客栈刺杀杨小檐。杨小檐认出妹妹杨小楼，杨小楼却并不相认，出手便是杀招。

铁飞花忙叫龙三出面救下杨小檐。得知有人要保自己性命，铁飞花也是疑惑不解，不过，既然有人能保自己无忧，也正好静下心思把漕案线索好好捋捋。她让客栈老板传出话去，滴水之恩当涌泉相报，有机会一定报答保自己性命之人。

冢原柳穗邀请铁飞花前去，说自己已经帮铁飞花找到了快意堂的人。不过据了解，此次快意堂前来仙游是为了杀一个人，而这个人与她有交情，所以杀不得。最好的办法就是可以杀掉快意堂的首领。铁飞花明白冢原柳穗是想借自己的刀去杀快意堂的人。

铁飞花找到龙三和杨小檐，告知快意堂要图谋的事，比想像的更危险。他们还没有找到冢原柳穗，自己行迹却已暴露无遗了。仙游城，各路各道的人马是盘根错节的，万一柳大小姐与冢原柳穗有人情上的交往，生意上的交易，快意堂的朋友就危险了。龙三却不想帮铁飞花救快意堂的人，只想杀掉冢原柳穗。

龙三担心铁飞花会坏了朝廷大事，闯进柳穗家将铁飞花引出，告诫铁飞花，杨小楼的事情不许管不许问，铁飞花虽有疑惑但还是应允下来。她告诉龙三，与冢原柳穗接洽的那个混子就是快意堂的假冒堂主古铁英，盯紧古铁英就能找到冢原柳穗。

古铁英与冢原柳穗子在密室中见面，古铁英在茶杯里下了麻沸散，用激将法使冢原柳穗子着了道，虽有叶知秋的夹击，柳穗子还是凭借着过人的武功逃脱。古铁英在叶知秋的怀中已经奄奄一息，古铁英告诉叶知秋，其实当初快意堂内讧，自己早已看出是假相，自己最大的心愿就是杀倭寇当一回英雄，古铁英临死之前的这番话感动了快意堂的兄弟们。

龙三在官场时日久矣，知道官场的险恶，快意堂身为贱籍，如此兴师动众远离乡籍，官府一旦追究下来，没有了胡俞戚的书信，必招灭门之灾。他一定要前去胡帅大营说明原委，救得快意堂一众好汉的性命。龙三在临行前要铁飞花答应他两件事：查清漕案，替他保护好方大人和九洲侯。铁飞花含泪答应。

铁飞花众好汉回到快意堂，却发现快意堂已然被毁，活着的人都异口同声说是铁飞花下的毒手，铁飞花百口莫辩。这时，都司府大兵已将快意堂团团围住，统兵千户也声称剿灭快意堂是铁飞花的功劳，一时之间，铁飞花在快意堂的处境凶险。

付伯伦在听完铁飞花招供之后命令千户将其灭口。铁飞花利用饭菜之中的鱼刺解开穴道。铁飞花正要逃跑之际，千户手下的兵士涌了进来。冲出关押的房子，铁飞花抓了千户为人质，要付佥事将包围在身边的官兵都统统退下去。付佥事无计可施，只得看着铁飞花押着千户带着柳儿逃出客栈。付佥事遂命人一路跟行伺机抓捕。

陈久久有意将铁飞花引到一座茶棚外，铁飞花通过“察言观色”揭穿了陈久久已经被人收买的事实，是来害自己的。最终陈久久自食恶果，被自己所设置的机关刺死。柳丝丝得知姐姐冢原柳穗被铁飞花杀死，决意要为家姐报仇。

高旗和舒俊得知铁飞花要去江阴查漕兵，一路尾随。在路途上无缺道人和不弃和尚带着小徒弟戒嗔想捉拿铁飞花，求得赏银。高旗和舒俊现身解围。温印泉从周少康那里得知替姜百户把风茶棚的人还活着，便派周少康赶在铁飞花前面去销毁证据。

一直跟踪在高旗身后的伺机抢功的唐门弟子突然现身偷袭铁飞花，为救铁飞花，混战中舒俊身亡，高旗断臂重伤，却不愿意连累铁飞花，只身一人离开，而柳儿也被高旗手下带走。铁飞花捉住唐薇问清缘由，唐薇承认只不过是想邀功请赏，铁飞花建议唐薇找其姐夫，提出派大军保护她去杭州，这样就能避免血腥。

铁飞花综合地运用医学辩证和推论来分析董成，准确地推断出董成的经历和意欲何为，铁飞花准确的推断让董成心服口服。铁飞花答应帮助董成的朋友洗清冤屈。董成作为对铁飞花的报答，答应铁飞花可以找来江湖上的朋友前去杭州，让杭州局面混乱，好让铁飞花方便行事。虞风收到匿名信件，称若再查漕粮，必将他杀死铁苍龙的秘密公之于众，吕中感到事态严重，安排手下鲁洲将虞风及其家眷一干人等送出杭州城。

因为漕粮的事情，吕中和温印泉发生争执。吕中道破当初为何要劫漕粮的缘由，现在漕粮却丢失了，都是温印泉一手造成的，而温印泉却怪吕中惹火烧身。江洋带几名档头前来杭州，在城外的客栈遇上了高旗手下和柳儿，柳儿自称是铁飞花，不成想却引来大祸。

吕中和虞风意识到境况对他们很不利，谋划着将铁飞花引出来。虞风却想用自己的命去换铁飞花的现身，吕中识破虞风的想法，不让其离开府邸。铁飞花潜入付佥事家中，却发现他们的孩子并非他们夫妇所生，她从付佥事的夫人身上看出她并不能生养，铁飞花感到不解。这时，恰好付佥事匆忙回家，铁飞花出手制住付佥事。

照约定，铁飞花和快鞭三来到周家碾坊，江湖各门各派的人都已经闻讯赶来，唐微也闻讯赶来保护铁飞花，铁飞花嘱咐快鞭三不到万不得已不可轻易出手相帮暴露快意堂，自己会想办法找约她的人。虞风只身前往与铁飞花见面，告知铁飞花“真相”。

铁飞花前去找陈清明，言称是来帮助陈清明化解危难，摆脱困境的。告诉陈清明，证据，就是谋反书信；迹象，就是赵鸿道的反常行为。铁飞花要请陈清明帮助，说动钦差大人同意将赵鸿道抓起来，问出他的幕后指使，这样就能洗清陈清明身上很多的疑点。

铁飞花到了吕府，找到鲁洲，分析了事态，要鲁洲告诉她吕中和温印泉在何处见面。吕中当着方谨和许慎的面坦言漕粮的确是自己所夺，但是去向自己确实不知。高旗风餐露宿，再加上被唐肥折磨，只剩下半条人命，在吕府门前，与吕中手下陈方碰面，让其代为转告吕中铁飞花是可信的。尔后横刀自刎。

身边的兄弟为了漕粮都丢了性命，吕中悔之晚矣。他举杯向铁飞花赔罪，与铁飞花坦诚相见后，吕中后悔与铁飞花相见太晚，他起身为铁飞花武一趟醉刀后，仰天长啸，横刀自刎。吕中以死谢罪，铁飞花赞赏他大丈夫风范，同时也责备吕中轻生，死掉是容易的，但艰难的是活下去不容易，她找到更多的漕粮线索，将漕案了结。

大堂之上，温印泉对陈清明和铁飞花不屑一顾。铁飞花告诉温印泉，不需要他说什么，他只需要听自己分析的是否准确，温印泉不以为然。铁飞花在审讯温印泉的过程中，剖析的头头是道，怎样劫漕粮，如何下毒毒死南直隶兵备道员刘万成。

付佥事前来找柳丝丝，原来付佥事是东瀛的间谍。在听闻柳丝丝和许亦非相谈不欢，教导柳丝丝在用人上面的准则，许亦非有野心，值得扶持，要成就大事，就不可太拘小结。方谨请求铁飞花帮忙去试探柳丝丝的虚实，他怀疑柳丝丝的真实身份，但却没有实证。铁飞花答应方谨的请求。杨小檐开口向铁飞花求婚，铁飞花借口有事避开话题。

柳儿再次被寇贼抓住，将她绑在机关房内，引诱铁飞花前来送命。铁飞花接到消息后，赶来救柳儿。铁飞花进到了机关房，很多寇贼伺机而动，想取铁飞花的性命。许亦非告诉杨小檐要尽量去保柳丝丝，因为柳丝丝手上掌握着许多高官们的把柄，还有用，不到万不得已，能保尽量保她。

按察司府内，铁飞花和陈清明看着柳丝丝来不及销毁的信件，陈清明告诉铁飞花，抓住刺客，侯爷对她有所改观，恳请皇上对她特赦之事，几乎要全仗侯爷，铁飞花现在才明白，原来方大人让她察看杨丝丝，是要把抓住刺客的功劳给她。

一个看似平常的杀人现场，却暴露了杨小檐和柳丝丝的踪迹。铁飞花在勘察伍春贵被害现场时得知，柳丝丝和杨小檐应该已经逃离杭州。铁飞花从从现场的迹象看出蹊跷，她担心九侯爷一行会有危险，便决定追赶已经启程的方谨一行。

杨小檐的伤势太重，没有说出秘密即便死去。铁飞花悲痛安葬杨小檐，并在杨小檐的坟前说了一番感人肺腑的祭奠之语。许亦非削发出家，在一声声的唱佛声中，眼里露出一丝恨色。而在东瀛的海岛之上浅井少川眺望辽阔的大陆景色下达了新的命令。铁飞花被着入京面圣，两骑快马绝尘而去，铁飞花一脸毅色和柳儿通过缓缓开启的城门走了进去，铁飞花知道前方还有更危机的事情更险恶的案情等着她。