康熙二十三年，索额图嚣张跋扈，把持江宁官场。江宁贪腐，赈灾时以霉米代好米，引发时疫，死伤无数。左都御史达都勾结江苏巡抚汤宾，在索额图的庇佑下隐瞒案情。然而前往调查的御史郭秀死里逃生，御前告状，揭开了真相一角。康熙震怒，处置达都，但要揭开江宁一案真相，证据还远远不足。康熙迫于索额图压力将郭秀下狱待斩，但同时命自己信任的侍讲学士陈廷敬任左都御史，查清江宁一案。陈廷敬准备动身亲往江宁，查清此案。出发之前陈廷敬去狱中看望郭秀，师生见面格外动情，郭秀提醒陈廷敬江宁水深，万事小心。陈廷敬与家人惜别，撇下钦差仪仗，微服抵达江宁，试图在惊动地方之前查案。

陈廷敬将汤宾抓走入狱，查抄了汤宾的行辕，却惊讶地发现汤宾很清贫，他每天和灾民一样吃的都是霉米。陈廷敬明白了事情的原委，汤宾是个清官，王新命才是贪官、明珠党羽。汤宾是为了帮老百姓做实事才不得已投靠索额图，拿霉米赈灾纯属无奈。在陈廷敬的劝说下，汤宾决定回京说出真相，并让陈廷敬去寻找一个叫朱鹏举的重要证人，这个人能证明江宁贪墨案实际上是因王新命而起的。陈廷敬命赵铁去寻找朱鹏举，同时押汤宾返京，但是汤宾却在启程之前当众自杀。这一切都是心裕搞的鬼，心裕抓了汤宾的女儿汤福慧威胁汤宾自尽。陈廷敬猜到事情的关键在汤福慧身上，但是汤福慧失踪了。汤福慧此时在心裕手上，心裕离京之前命人将汤福慧灭口。赵铁找到了朱鹏举。

汤宾之死引发了朝堂的争议，索额图一党要求康熙定陈廷敬的罪，明珠极力为陈廷敬开脱，康熙下旨暂时免除陈廷敬的职务，宣陈廷敬回京。陈廷敬拖着迟迟不回京，寻找汤福慧下落，命赵铁先回京，带着江宁贪墨案现有的证据营救郭秀。赵铁在初一前赶到京城，郭秀在刑场上捡回一条命。康熙微服来见陈廷敬，助陈廷敬离开京城去寻找翻案的证据，并让郭秀随行。陈廷敬和郭秀来到江宁，设计从王新命那里套出了汤福慧的下落。心裕带人赶到，包围了陈廷敬和郭秀。陈廷敬和郭秀故意引来江宁的老百姓，打乱了心裕等人的包围，借机脱身，但是写着汤福慧关押地址的条幅不慎落在心裕手里。心裕带人去劫汤福慧，陈廷敬和郭秀隐藏在暗处，原来地址是陈廷敬故意留给心裕的。他想借心裕的人马扰乱王新命别墅的护卫，好借机救出汤福慧。

明珠在大理寺即将开审陈廷敬，陈廷敬在最后一刻赶到，拿出遗书证据证明了汤宾一案自己没有审错。康熙下旨恢复了陈廷敬的官职和权力，让他继续审江宁一案。陈廷敬与郭秀重逢。索额图和心裕始终没有找到莫尔根的下落，心裕慌神，因为莫尔根带走的帐册上记录了他在赈灾一事中收取汤宾贿赂的秘密。陈廷敬命郭秀去江宁，将藏在江宁监狱的朱鹏举带回京城。陈廷敬拿到了朱鹏举的口供，证明王新命先贪墨了赈灾银，并设计陷害汤宾。陈廷敬把口供交给康熙，康熙震怒，下令让陈廷敬好好审案，并召王新命入京候审。王新命入京，在燕归堂私会明珠，给明珠送了厚礼，希望明珠出手相救。

康熙收到了河道总督靳辅的奏折，要求朝廷拨款赈灾，康熙愁国库无银，明珠带来了一个消息，王新命愿把家产捐给国库，为康熙解决燃眉之急。康熙饶王新命不死，将王新命贬到西北。明珠约陈廷敬喝茶，把帐册送给了陈廷敬，表示愿意助陈廷敬打击索额图，希望与陈廷敬结党。陈廷敬收下了帐册，但是拒绝了结党。陈廷敬把帐册交给康熙，希望康熙能够处罚心裕。索额图和心裕搬出太皇太后说情，康熙看在索额图兄弟以往的功劳份上，赦免了心裕，索额图兄弟感激涕零。陈廷敬在和郭秀商议如何扳倒心裕，索额图来到都察院，表示皇上已将江宁一案移交给内阁定案，让陈廷敬别再插手。陈廷敬去求见康熙，康熙拒绝相见。陈廷敬失望。索府庆贺心裕脱罪，明珠失落。

索额图交代户部尚书额纳图，管好宝泉局，不要让人抓到把柄。明珠把铜钱交给康熙，表示如今民间铜钱短缺影响民生。康熙让陈廷敬好好地去查宝泉局制钱一事。额纳图交代宝泉局苏裕泰，表面上要好好配合陈廷敬，只要有他在，陈廷敬什么也查不出来。陈廷敬和郭秀巡视宝泉局，什么漏洞都没有，陈廷敬怀疑为宝泉局买铜的皇商孙怀义有问题，让郭秀暗查孙怀义。宝泉局把新制的钱送去都察院给陈廷敬检查，表示按规定陈廷敬可以把这些钱留下。陈廷敬把钱送还宝泉局，训斥了苏裕泰等人。郭秀查到孙怀义有问题，陈廷敬决定设计套孙怀义的底细，苦于找不到合适的人选。陈廷敬四弟陈廷愫来京做生意，顺便来探望陈廷敬一家，陈廷敬有了主意。索额图和心裕发现陈廷愫来京，决定利用陈廷愫对付陈廷敬。

陈壮履让福慧帮忙先瞒着父亲，自己去通州打探消息，得知陈廷愫已经在口供上按了手印，大吃一惊。口供其实是心裕伪造的。为免此事拖累父亲，陈壮履私下向容若求救，容若瞒着陈廷敬，帮壮履救出了陈廷愫。明珠约见陈廷敬，表示只要陈廷敬和自己结党，便出手帮陈廷愫洗清罪名。陈廷敬这才得知陈廷愫之案，大吃一惊，拒绝了明珠的拉拢。回到府中，陈廷敬训斥壮履不该瞒着自己向容若求助。康熙召见陈廷敬，问营救逆党一事是否陈廷敬所为。陈廷敬为了掩护容若，承认是自己所为。康熙愤怒，让陈廷敬回家“养病”，宝泉局一案被迫停滞。郭秀闯宫，面见康熙，为陈廷敬喊冤，康熙让郭秀去私下查明逆党一案的真相。容若得知陈廷敬蒙冤，主动找到心裕投案自首，表示营救陈廷愫是自己所为。索额图将容若涉案一事禀报给康熙，透露明珠与陈廷敬在暗中筹划联姻，康熙对陈廷敬起了猜疑。明珠夫人求明珠救救容若，明珠无奈出手。

明珠来到茶馆外，索额图现身拦住了明珠，原来索额图已经洞悉一切。明珠放弃了额纳图，离开了。索额图进入茶馆见到额纳图，恩威并施，额纳图无路可走，重新回到了索额图门下，承担了一切罪名。宝泉局案结案，索额图成功脱身。康熙怀疑索额图涉案，太皇太后出面敲打索额图兄弟，让他们收敛。康熙下旨严惩了额纳图，并申斥了大臣们。陈廷敬好友张汧升官离京，将儿子张宸英托付给陈府，宸英与壮履形影不离。汤福慧追问仇人的消息，陈壮履推脱隐瞒。陈壮履和张宸英私下谈论，汤福慧的仇人是明珠，他不敢把这个消息告诉福慧。福慧偷听到二人谈话，得知真相，留书出走，离开了陈府，陈家人忧心寻找，没有找到福慧下落。康熙下旨为容若赐婚官氏，容若意欲抗婚，明珠指责容若此举会让纳兰氏满门抄斩，容若无奈，只能接受现实。张宸英帮助采薇与容若相见，容若故意拒绝了采薇，二人诀别。容若死心成婚。新婚之日，陈廷敬去明珠府祝贺，开导容若。

顺天乡试考期将至，陈壮履打起精神，和张宸英一起去考试。发榜当日，张宸英意外落榜，陈壮履名次很靠后，两人都很意外。两人失意而归。落榜的士子们大闹贡院，声称顺天乡试有舞弊，九门提督麻勒吉派兵镇压，混乱中杀了几名士子。事情闹大，传到了朝堂上，康熙怒斥麻勒吉，下旨让陈廷敬彻查乡试案，看是否真得有舞弊现象。明珠推举了内阁学士徐乾学和陈廷敬一同办案。陈廷敬带着郭秀去查案，发现士子们又在游行闹事。陈壮履和张宸英也在其中为同窗助威。陈廷敬让陈壮履召集落榜士子问话，得知今科解元丁大治有舞弊嫌疑。郭秀去试探丁大治，让赵铁暗中盯着丁大治的动静。陈廷敬和徐乾学召集考官宁布海等人问话。

壮履和张宸英从同窗周承那里得知，外面都在传徐乾学包庇儿子徐树屏作弊。济善坚决否认自己曾指使丁三卖考题，让陈廷敬拿证据说话。索额图和心裕查出是明珠派人烧墨卷房，嫁祸给他们。陈壮履告诉陈廷敬，徐乾学的儿子徐树屏也是靠作弊考中的。丁三的妻子刘氏来到都察院投案，差点被心裕的人灭口，郭秀及时救了刘氏。刘氏面见陈廷敬，为夫喊冤，表示丁三被济善灭口了，因为丁三手中有济善卖考题的证据。刘氏把证据交给了陈廷敬。心裕决定放弃保济善。陈廷敬审问济善，拿出证据，济善承认自己卖考题，但是否认烧墨卷房一事。陈廷敬怀疑涉案的另有其人，让郭秀去暗查徐树屏。陈廷敬去拜访卧病的王振业，怀疑王振业涉案。

王振业承认一切都是自己与济善合谋的，背后没有别人。陈廷敬发现王振业和济善口供的细节对不上，怀疑中间另有隐情。徐乾学审问八喜有了结果，八喜承认是自己勾结济善和王振业出卖考题。索额图指示心裕，乡试一案一定要尽快结案，不能再让陈廷敬往下挖了。心裕让索额图放心，表示一切已经安排妥当。陈廷敬发现了案情的更多疑点，怀疑徐乾学审问八喜的结果有问题，让郭秀重新审问八喜。郭秀发现八喜是被徐乾学屈打成招的，已经昏迷不醒。徐乾学催促陈廷敬尽快结案，陈廷敬不肯，认为案子还有隐情。士子们哗变，联名请朝廷早日公布乡试案的结果。徐乾学以此向陈廷敬施压，催促陈廷敬早日结案。康熙帮陈廷敬争取时间，让陈廷敬早日查出真相。王振业受到幕后人物的指使，向陈廷敬招供，表示指使自己舞弊的人是礼部侍郎宁布海。陈廷敬开始审问宁布海。

明珠得知徐乾学去索府求救被拒一事，认为自己该出手了，前往燕归堂密会大学士余国柱。一直跟踪明珠的汤福慧发现了燕归堂这个突破口，乔装成落难哑女，被燕归堂老板燕姐收容。明珠让余国柱出面，弹劾陈廷敬和徐乾学帮助儿子科场舞弊，请求康熙严惩。康熙召见陈廷敬，陈廷敬表示自己并没有助子作弊，应该是有人故意陷害他以阻挠他查科场案真相。康熙下旨暂停乡试案，决定亲自考试徐树屏和陈壮履。郭秀来见陈廷敬，表示壮履作弊一事可能是索额图设计的。索额图认为明珠想借余国柱之手将索党一网打尽，康熙则欲借此机会打压八旗亲贵。徐乾学担心徐树屏，来向明珠求情，明珠拒绝。御前考试前夕，周承来安慰壮履，带壮履去喝酒，灌醉了壮履。壮履醒来，发现自己睡在一家妓院内，已经误了入宫考试的时辰，意识到自己中了周承的圈套。陈壮履御前考试迟到，索额图要求康熙治他的罪。

陈壮履说自己是在石佛胡同中了周承的圈套。陈廷敬命郭秀把周承提到都察院审问，周承声称是陈壮履主动召妓的，陈壮履平日就常去那家妓院。陈廷敬让郭秀去查妓院，妓女作证陈壮履是她们的常客，并拿出陈壮履的国子监出入牌为证据。陈廷敬将陈壮履打入大牢。采薇和宸英跑到都察院来求见陈廷敬，想要入监探望壮履。陈廷敬拒绝。康熙表示可以特赦陈壮履，陈廷敬不愿开此特例，采薇等人怨恨陈廷敬冷酷无情。郭秀查到周承之父与心裕有往来。康熙把梁九功的供词给了陈廷敬，密示陈廷敬此案不必顾忌。陈廷敬带人去索府抓走了心裕。索额图去找康熙为心裕求情。

陈廷敬宣布顺天乡试舞弊案结案，陈壮履、徐树屏等作弊考生被革去功名，发配宁古塔。陈壮履对陈廷敬心灰意冷。王夫人和采薇得知陈廷敬将陈壮履发配宁古塔，不能接受。王夫人要陈廷敬赐她一纸休书，她也要随壮履去宁古塔。王夫人为儿子伤心落泪，为陈廷敬不救儿子而悲愤。张宸英也来为壮履求情。陈廷敬进退两难，心痛挣扎。郭秀被擢升，群臣恭贺，索额图讽刺陈廷敬舍弃自家骨肉给徒弟换了荣华富贵，陈廷敬更是心如刀割。郭秀看着不忍心。王夫人带着采薇和张宸英去狱中探望壮履，壮履对父亲心灰意冷。王夫人让壮履在被流放之前给她抄一部佛经，给她留个念想。陈廷敬其实也非常思念壮履，但他坚守原则，不肯去看望壮履。皇贵妃生病，众命妇侍疾，送上各色礼物。王夫人送上的是壮履所抄的佛经，触怒皇贵妃。王夫人在殿外跪着磕头，求皇贵妃留下佛经。皇贵妃知道她的用意，想借她的东风吹动皇上。皇贵妃曾失去一女，感念王夫人爱子之心，决定成全她。

汤福慧在燕归堂假装哑巴，以丫头的身份留下来仔细观察着他们。康熙命陈廷敬监修明史，却因为史官坚持真相而触犯了康熙的忌讳，陈廷敬挺身而出保护史官，令康熙失望。明珠趁机向康熙举荐徐乾学。康熙不许陈廷敬修史，改用徐乾学为明史的总裁官，令陈廷敬失望。徐乾学不顾史实，一味迎合康熙喜好，逼众史官按他的指点编书。陈廷敬暗中帮助史官出版了被删除的史料，埋下祸根。康熙借春节赐字敲打陈廷敬，要他明白自己的身份，陈廷敬更觉灰心。明珠趁拉拢陈廷敬，被陈廷敬拒绝。康熙重念旧情，召见索额图兄弟，索额图诋毁陈廷敬与明珠暗通有无，康熙对陈廷敬不放心，命索额图调查。云南昆明县，马守备和主簿冯仲宣发现云南巡抚王继文私扣军饷，马守备愤而带领士兵哗变。王继文命下属张鲁血腥镇压。

帐册落入索额图手中，索额图把帐册交给康熙，康熙震怒。康熙召明珠来试探，明珠大惊，赶紧把自己与王继文撇清，并故意推荐陈廷敬来查云南一案。明珠其实早已看穿康熙的心思，知道他属意陈廷敬，故意引发康熙对陈廷敬的猜忌。康熙任命陈廷敬为钦差，去云南查王继文案。康熙命令索额图将冯仲宣和帐册交给陈廷敬助他查案，同时下旨让索额图暗查在王继文案中明珠和陈廷敬是否勾结。陈廷敬审问冯仲宣，得知王继文仗着是明珠妹婿在云南一手遮天。明珠来造访陈廷敬，把康熙让索额图暗查他的消息告诉陈廷敬。陈廷敬知道康熙已不再信任自己，深受打击。陈廷敬离家赴云南，家人担心，王夫人命忠仆榆钱跟随他。纳兰容若在城外追上陈廷敬，托陈廷敬给姑姑纳兰明月带一封信，他在信中拜托姑姑帮助陈廷敬。

陈廷敬等人在贵州遇到乔装成山匪的张鲁手下追杀，逃入山林。张鲁手下不熟地形，不敢冒进。陈廷敬更加肯定这些人不是山匪，而是冲着他来的。云贵总督蔡亦荣得知了王继文派人暗杀陈廷敬的事，大吃一惊，猜透了他打算嫁祸自己。蔡亦荣命手下周千总改扮成山民，前去营救陈廷敬，务必把他活着送出贵州，撇清自己。陈廷敬等人正在浴血突围时，周千总带人化妆成平民赶到解围，送陈廷敬等人下山。郭秀建议向蔡亦荣借兵，陈廷敬摇头。他已经猜到了刚才救他们的平民是蔡亦荣派来的，也猜到蔡亦荣只想置身事外。陈廷敬抵达昆明，王继文率人迎接，将陈廷敬等人软禁起来。陈廷敬想借容若的书信求助纳兰夫人，却发现她行为异样。王继文陪伴陈廷敬调查案情，没有任何证据，涉案人马彪也在牢中猝死。王继文伪造证据，称所谓贪污军饷一事是冯仲宣因私怨报复他，逼迫陈廷敬对冯仲宣用刑。

忠武营孟义等人挟持陈廷敬到了碧鸡山，误会他是王继文的同党，要杀陈廷敬。陈廷敬说服他们追随自己查清王继文的罪名。王继文想借孟义之手杀死陈廷敬，于是强攻碧鸡山。王继文收到余国柱的来信，让他谨慎，他不肯听信，撕毁了信件。孟义等人被陈廷敬说服，保护着陈廷敬暂时隐藏在碧鸡山。王继文声称孟义等人是吴三桂余党，劫持钦差，传书蔡亦荣，让他来一起“平乱”。蔡亦荣带着人马来到云南，和王继文的人马一起搜山营救陈廷敬。王继文命张鲁带人伪装成叛军，趁乱杀陈廷敬。陈廷敬失踪，留下血衣。蔡亦荣发现王继文杀死了陈廷敬，王继文胁迫蔡亦荣自己一起署名上奏，声称陈廷敬殉职。王继文逼郭秀结军饷案。明珠得到陈廷敬死讯，瞒着容若。皇上收到陈廷敬死讯，怀念老师，格外伤感。

陈府得到消息，陈廷敬家人格外伤心，王夫人接到陈廷敬遗物，晕了过去，山西陈府接到张宸英报信，得知陈廷敬死讯，震惊不已，陈壮履悔恨自己太任性，罔顾父亲的想法，陈忘机和陈廷愫亲赴云南寻找陈廷敬尸骨，壮履得知采薇与王夫人状况后，决定和张宸英一同回京支撑家事。容若在诗会上意外得知陈廷敬身亡的消息，以为是明珠下手，大受刺激，吐血倒下，引恨而亡。明珠伤痛儿子之死。康熙觉得陈廷敬死因有疑，命佛伦任钦差，去云南再查，却不知佛伦表面上公正，暗中早已是明珠的人。汤福慧以琴艺吸引了明珠，被指名以后都来弹琴给他听。明珠遣退汤福慧，交待佛伦坐实叛军杀死陈廷敬一事，为王继文开脱。王继文仍在寻找陈廷敬尸身，其实陈廷敬没有死，只是身受重伤。榆钱为了掩护陈廷敬，被张鲁杀死。张鲁谎称陈廷敬是要犯，全境通缉。陈廷敬在孟义等人的保护下藏身昆明城外尼庵，一群官兵追到，踢倒阻拦的安嬷嬷。无念出来保护安嬷嬷，却被官兵调戏，张鲁出来阻止了官兵，带着他们退走。无念喝破孟念等人的行踪，孟义求无念收留，无念准他们留几日，等陈廷敬醒来就要离开。

陈廷敬兄弟重逢，陈忘机分析利弊，陈廷敬猜测新认钦差已在路上，若与王继文合谋，云南一案永远昭天一日。陈廷敬将自己写的密折交给陈廷愫，要他们务必在新的钦差到达之前送出云南。无念突然一改之前的态度，怒斥陈廷敬图谋自己家族，将他们赶出了静慈庵。王继文就带人包围静慈庵，然而陈廷敬等人早已经无念的驱赶下离开。陈廷敬猜出无念有危险，骂他离开是为了救他，立刻让忠武营官兵去救无念。王继文威逼无念不成，杀死安嬷嬷，危急之际孟义等人救了无念逃跑。陈廷敬躲在山村中，被村中老举子认出，主动帮他躲藏。陈廷敬暂时无恙，陈廷愫带着密折回到京城，交给了索额图，索额图将密折交给了康熙，康熙将弗伦诏回。陈府众人听说陈廷敬没死，都很高兴，而明珠却在听说这个消息后崩溃。朱礼芳出面将蔡亦荣引来村中见陈廷敬，而王继文却在此时出现，陈廷敬说服了蔡亦荣出面保护他，三人互博，最终蔡亦荣选择了帮助陈廷敬。在村民们的帮助下，蔡亦荣从王继文手中带走陈廷敬。王继关押郭秀，文杀死了冯仲宣。

王继文被压解回京，云南百姓夹道恭送陈廷敬。明珠欲救王继文，赵柳堂却劝明珠提早上岸，放弃王继文。徐乾学为了儿子徐树屏向明珠求救，却遭明珠拒绝，徐乾学怀恨在心。陈廷敬带伤觐见康熙晕倒，陈廷敬再提辞官，康熙却后悔派陈廷敬去云南，还怀疑陈廷敬的忠诚，欲与陈廷敬重续君臣情谊，没有允准陈廷敬辞官。陈家一家团圆，陈壮履决定再次参加科举，陈廷敬十分高兴，陈廷愫离开京城。陈廷敬祭拜纳兰性德，偶遇明珠，明珠说出与陈廷敬誓不两立的话。赵柳堂找王继文封口，明珠利用无念写义绝书状告王继文，借机在朝堂中树立早与王继文誓不两立的态度，想办法脱身。朝会上，郭秀明参劾明珠，在索额图的授意下，满朝文武共同保明珠，引发康熙对明珠的猜忌，明珠却趁机借丧子之痛为理由，告罪辞官康熙对明珠心有不忍，驳回了明珠的辞呈。明珠极力向康熙表忠心，大义灭亲主动要求亲自主审王继文。王继文最终在明珠手上被定罪问斩。徐乾学故意在康熙面前透露了群臣给明珠起的外号“明相国”，引起康熙警觉。

陈廷敬阻止康熙征税，向他献计，用漕粮代工赈，康熙趁机将陈廷敬调任为工部尚书，为了百姓，陈廷敬选择了留下。陈廷敬离开都察院，到工部任职，陈廷敬到任后细心盘查，委派了工部主事黄敬思前往河工监督工程。陈壮履和张宸英都考中进士，陈廷敬高兴，教他们为官之道。陈壮履点庶吉士，康熙高兴之余，留陈壮履在御前行走，要给他大好前程。张宸英回湖北侍疾，陈廷敬索性将采薇和张宸英的婚事办了，让两人一起回了湖北。黄河再次决堤，康熙震怒，朝臣讨论天灾还是人祸。康熙命钦天监监正严松龄算出是不是天灾。严松龄做出了天灾的结论，康熙也令户部加紧调拨银子往高邮赈灾，陈廷敬怀疑天灾之说，寻问陈忘机，但陈忘机的解释却让他更加怀疑。崔维雅曾是吴三桂的降臣，有治河之才，曾因骂康熙被革职永不录用，他找上郭秀帮忙送一份治河方略给康熙，郭秀请来陈廷敬，陈廷敬再三试探，发现崔维雅骂靳辅胡乱治河并不是说谎，他犹疑参半，最终还是决定将崔维雅的结论上报康熙。

陈廷敬举荐崔维雅，遭到参劾，康熙大怒，对陈廷敬失望。陈壮履在康熙面前称赞自己的大伯父陈忘机无所不能，使康熙对陈忘机产生兴趣，康熙下旨召见陈忘机。陈廷敬痛斥陈壮履不顾家族胡作非为。陈忘机为了弟弟一家，决定面见康熙。明珠的谋士赵柳堂偶然在酒馆认出了陈忘机，原来他就是曾诈死不肯受诏的前明状元。陈忘机在御前高谈阔论，使得康熙心悦诚服，要让陈忘机给太子当老师，被陈忘机拒绝。却没想到，明珠趁机参陈廷敬和陈忘机欺君之罪。康熙对陈廷敬非常愤怒，欲降罪于陈家。陈廷敬犯下欺君之罪，康熙的震怒可能会使得整个陈氏一族陷入灭顶之灾，陈壮履意识到自己闯下大祸，陈廷敬愿意承担责任。陈忘机求康熙看在陈廷敬几十年舍生赴死一心为君效忠的份上，放过陈氏一族。康熙给出陈忘一天的时间，要他自己选择，要么归降要么死。为了保全家人，陈忘机选择了屈服于康熙，答应教导太子，却不肯为官，而是要以布衣的身份教导太子，同时提出条件，就是要康熙给崔维雅一次机会。

陈忘机发现严松龄造假，康熙大怒要调查严松龄，严松龄听闻事情败露竟然吓死。康熙成立河工调查四人组，左都御史佛伦带领工部尚书陈廷敬、蔡毓荣查案，又命崔维雅协助。崔维雅告诉郭秀就算死也不能堕了晚节。索额图上陈家送礼，却被王夫人坚拒。而明珠在燕归堂约见弗伦密谋，送他一把宝剑，祝他去江南旗开得胜。陈廷敬等四人到高邮，河道总督靳辅和副手陈天一迎接众人。崔维雅告诉陈廷敬，管河同知陈天一曾是自己的学生，后来离开了自己，转投靳辅，是个小人。弗伦先和靳辅见面商量方案，两人密谋，原来靳辅每年会给明珠五十万两河工银子。四人组开始约谈以靳辅为首的治河官员，传唤到陈天一，崔维雅对他步步紧逼，不肯放过。关键时刻，靳辅冲进调查室，与崔维雅针锋相对又把矛头指向陈廷敬派来的工部官员黄思敬，要五人组去调查工程。双方各执一词。做为主审官的弗伦和蔡毓荣担心闹到康熙面前不好看，只肯和稀泥，两边安慰，事情陷入胶着。靳辅怒极当场摘官帽走人。

京城索额图要党羽拉拢陈家，心裕向陈壮履卖好，带他去燕归堂长见识，陈壮履在燕归堂见到了久寻不见的汤福慧。汤福慧给陈壮履递了一张纸条，陈壮履发现是关于陈廷敬在高邮的遭遇，交给郭秀帮忙。靳辅暗会弗伦，弗伦要靳辅找崔维雅求和。靳辅虽然不甘，但还是主动找上了崔维雅求和，并许之以副河督之位，不想崔维雅却不屑一顾，还大骂靳辅。陈廷敬把黄思敬写给自己的信给陈天一看，怒斥陈天一，陈天一只得交待靳辅贪腐，并许自己副河督之位，陈廷敬要陈天一帮他。靳辅威胁陈天一，批了他的辞呈，但不许立刻离开。崔维雅将靳辅拉拢自己的事情告诉陈廷敬，陈廷敬感动于崔维雅并不为权势所动。两人话被蔡亦荣听到。四人组重审陈天一，崔维雅却突然在庭审时反水。

崔维雅突然反水，还反咬陈天一挟私报复，更是拿出了陈天一的辞职信，证明陈天一确实以辞职威胁过自己。陈廷敬这才发现弗伦、蔡亦荣、崔维雅三人已经同流合污。陈廷敬责问朝廷上大骂皇上的崔大醇哪里去了。陈天一绝望烧图纸，之后悄然离开。京城，汤福慧听到陈廷敬失利的消息。明珠收到弗伦的传书，约汪宁远到燕归堂喝酒，两人提及陈廷敬时，被负责隔帘弹琴的汤福慧听到，汪宁远无心说一句汤福慧和汤宾长得像，明珠怀疑汤福慧欲杀她。汤福慧被陈壮履救出，陈壮履找郭秀商量帮助陈廷敬的办法。陈廷敬找到陈天一，帮他重拾对人性的信心，陈天一画出了原来和靳辅一起画的最初的一份工程图。陈廷敬带着陈天一回专案组，弗伦直接将陈天一下狱，陈廷敬强行保下陈天一，黄思敬却主动认罪，承认黄河决堤是工部的责任。四人组带着靳辅、以及下狱的陈天一、黄思敬回京，明珠一党借机弹劾陈廷敬治下不严。

陈壮履将汤福慧的事情告诉陈廷敬，陈廷敬要陈壮履接回汤福慧。明珠担心汤福慧是个祸患，要莫尔根杀了汤福慧。陈壮履带汤福慧回家时，被莫尔根跟踪出手杀她，两人在逃命的过程中偶遇心裕，心裕命佟德安出手救了两人。汤福慧回到陈府，告诉陈廷敬自己握有的明珠罪证，陈廷敬却要求她蛰伏。心裕将汤福慧的事情告诉索额图，索额图意识到汤福慧必然握有明珠的把柄，索额图要心裕帮助陈壮履和汤福慧。郭秀通过调查，发黄思敬是被人收买，为了儿子的前途做伪证，陈廷敬前往国子监试探黄岭。徐乾学主动提出帮陈廷敬，收黄岭为学生。原来徐乾学的儿子徐树屏已经死在宁古塔，徐乾学对明珠衔恨，愿意帮住明陈廷敬打倒明珠。在黄岭的苦求下，黄思敬终于吐露实情，愿意做证。陈廷敬将结果报给康熙，康熙震怒，怀疑明珠和靳辅、弗伦勾结，当场起复索额图，命他和内阁组成审讯小组，严审靳辅和弗伦。

康熙向陈廷敬感叹治河人才难觅，陈廷敬向康熙举荐了陈天一。六部审查，矛头都指向靳辅，靳辅吃不住审查，吐出自己挖新运河、高邮筑重堤都是是听从明珠的安排，但明珠、弗伦等把一切罪责都推到了吏部尚书李之方和靳辅的头上。靳辅被判流放，弗伦被贬为佐领，明珠轻松脱身。莫尔根夜闯陈府，为保汤福慧，陈壮履求得心裕的帮助，设定汤福慧跳崖假死。在心裕的指使下，燕归堂鸨妈妈燕姐亲自出面指认女尸是汤福慧，骗过了莫尔根，明珠信以为汤福慧已死。明珠发觉郭秀已经开始查他，认为这一切都是陈廷敬在后面指使的，决定对陈廷敬和郭秀下狠手。康熙下旨任命陈廷敬为吏部尚书，掌管百官的升迁考核。康熙和明珠等内阁重臣一同谈论史书心得。陈廷敬提出“君子不党”的理念，康熙力赞陈廷敬的见识高明，御书此四字赐给明珠等人，暗含警告之意。陈廷敬五十大寿，康熙御旨赐陈廷敬一座府邸贺寿。

张汧发现祖泽深卖假盐引，所获银两全都进了他私人的口袋，此事关系重大，张汧不能再睁只眼闭只眼，悄悄留下了假茶引和假盐引作为证据，准备在年底的“大计”中向朝廷回报此事。祖泽深得知张汧看破了自己的敛财勾当，立即密告明珠相助。明珠决定抓住这个机会扳倒张汧、重创陈廷敬，遂派赵柳堂携带当年徐乾学献给他的《古诗四帖》前往湖北给张汧下套。张汧“偶然”间见到四帖真迹，爱不释手，然而古董商开价五千两，张汧却拿不出手，回家命郑师爷暂时从银库取出五千两暂借。陈廷敬收到张汧的关于祖泽深的公文，立刻向康熙回报，康熙将此事交给徐乾学处置，郭秀主动接过办案权。郭秀来到湖北，祖泽指责张汧诬告。明明是张汧自己贪污受贿，收受了盐商、茶商们的《古诗四帖》，张汧拿出手头的假茶引、假盐引以及贿银作为证据，但是所有的证据都不翼而飞，就连《古诗四帖》也消失了，张汧知道自己中了圈套，张家大祸临头。张宸英担心连累采薇，写休书跟她和离。

采薇为了离开张家回京求助，要张汧给陈廷敬写信。郭秀谎称要亲自派人护送采薇，把她扣押。祖泽深告诉张汧他是代人受过，张汧意识到自己是受了陈廷敬的连累，祖泽深逼张汧诬告陈廷敬，遭张汧严辞拒绝。驿站着火，采薇趁乱逃出，却遭人抢劫包裹，官差帮二人夺回包裹，却顺道放了东西在采薇包裹里。徐乾学把湖北的事情告诉康熙，康熙命他亲自前往湖北办案。徐乾学离京前，明珠宴请他，表示自己已经派人将二位徐公子的骨殖从宁古塔弄回来，徐乾学表面上感激，答应一定会在此案中关照明珠的人。徐乾学来到湖北，立刻把张汧下狱，徐乾学示意郭秀明珠的目的是为了扳倒陈廷敬。采薇回到陈家，求陈廷敬救张家，陈廷敬将张汧书信交给康熙，请康熙将张汧案相关人员带回京城审问。康熙同意了，下旨命徐乾学带犯人回京。郭秀提前回京，把徐乾学的话告诉陈廷敬，告诉他徐乾学的目的是让陈廷敬和明珠相互残杀，他坐收渔滃。徐乾学将自己审案的结果呈报康熙，暗指张汧和陈廷敬有勾结，康熙下旨彻查。郭秀午门死谏弹劾明珠和祖泽深勾结。

郭秀死谏，康熙大怒，赐郭秀庭杖，并要陈廷敬置身事外，不准帮张汧说话。索额图却反倒帮陈廷敬说话。康熙要索额图暗中调查明珠和祖泽深之间是否有暗中来往。陈廷敬放弃救张汧一家，采薇认为父亲不近人情，父女之间产生了激烈的矛盾。徐乾学和办案组讨论案情，九万两赃银没有下落，明珠出主意让徐乾学去搜犯官家眷采薇，陈廷敬想保护采薇，指出采薇已经被张家休弃，但是采薇撕碎了休书，决定与张家同生共死。采薇当着陈廷敬的面被带走入狱，陈廷敬无力阻拦，心如刀绞。陈廷敬单独去见明珠，要求明珠放过采薇和张宸英，明珠提出条件，要陈廷敬认罪。陈廷敬拒绝。明珠派柳堂去狱中告诉张汧，采薇也入狱了，陈廷敬为了沽名钓誉，连女儿都不救。张汧对陈廷敬失望，为了保住家人，听从了明珠的指使，诬告了陈廷敬。明珠求见康熙呈上前任史官私下编写的《南疆逸史》，明珠提及这本书是在陈廷敬任《明史》总裁官时默许的。此事本来就是陈廷敬与康熙之间的心结，康熙见此书不禁龙颜大怒，认为陈廷敬心中始终没有真正忠于朝廷。

明珠求见康熙，提出重罚陈廷敬，康熙下令使陈廷敬和郭秀罢官回家。明珠等人看出康熙对陈廷敬有维护之意。张汧夫人经不起牢狱折磨，旧病复发，采薇为了求狱卒给婆婆治病，不得不求狱官给陈家送信，狱官让采薇断了这个念头，陈家根本没人管她，陈廷敬现在为了名声不要骨肉。采薇失望于陈廷敬和夫人对自己不闻不问，伤心欲绝。陈壮履请求辞官回乡侍奉父亲，康熙惋惜陈壮履年少有才，可培养起来留待他日给太子用，不希望陈壮履回家接受陈廷敬的影响，驳回了陈壮履的辞官请求。张夫人病逝于狱中，采薇伤心痛哭，动了胎气，彻底对父母死了心。陈廷敬一家在心裕的押送下，离京回山西。徐乾学用赝品替换了真品，贪没了《古诗四帖》。采薇因心里恨陈廷敬，拒绝了康熙的特赦圣旨，愿陪张家人一起流放宁古塔。采薇半路生产，陈忘机及时带侍卫赶至，救了采薇母子一命，陈忘机解释，采薇终于明白自己错怪了父亲，是自己害了陈家，张汧悔恨不已。

余国柱当场拆穿《古诗四帖》是赝品，康熙大怒，得知是徐乾学贪没证物，将徐乾学罢职赶出京。陈壮履随太子祭南岳，路经山东，郭秀悄悄找到陈壮履，告诉他张汧的师爷郑巽还活着，陈壮履为了帮父亲翻案，孤身离开队伍，前往湖北探查真相，还没查出真相，就被抓住押解回京。康熙生气陈壮履不思君恩，将他罢官回家。陈壮履重回父母身边，福慧与陈壮履也终于重逢，悲喜交加。平民身份的陈壮履与福慧之间没有身份障碍了，两人终于可以互相表明心意。陈壮履将自己在湖北查到的线索告诉陈廷敬，陈廷敬立刻意识到这或许是揭开真相的一个机会。张汧在宁古塔病逝，临死前忏悔对不起采薇对不起陈家。远在江苏的徐乾学奉旨编完了《资治通鉴后编》，呈送康熙御览，因编书编得好，康熙龙颜大悦，徐乾学终于得到了奉召入京的机会。徐乾学借机将自己两年来在地方官场的所见所闻禀告康熙，直言官已经被明相国卖完，这事在江南官场已经是公开的秘密。康熙闻言震怒，决定南巡。

明珠决定在康熙御驾离京后实施斩草除根的计划，找机会杀死陈廷敬一家。康熙的御驾离开北京，莫尔根携带着明珠的密令也来到了山西。王知县命令士兵们团团包围了陈家大院，以“剿匪”为名强攻陈家大院，陈老夫人为儿子挡刀受了重伤。桑槐奉陈廷敬之命前往京城给陈忘机送信，却被索额图劫了，命心裕把桑槐送去给康熙。康熙震惊，下令心裕赶去山西保护陈廷敬。陈老夫人的重伤危急自知命不久矣，唯一的心愿就是亲眼看着陈壮履和福慧成亲。陈壮履和福慧在凄凉的氛围中举行了婚礼。陈廷敬要为母亲办丧事，阳城县的百姓们也纷纷请愿要给陈老夫人办丧事。王知县和刘知府请示幕后的莫尔根，莫尔根故作大方地同意。阳城县人连同陈家收留的灾民一起为陈老夫人举办了隆重的葬礼。陈家办丧事，莫尔根惊讶地在陈家人中发现了汤福慧的身影，原来汤福慧竟然没死。

康熙以师徒之礼再请陈廷敬回京帮自己。陈廷敬以为母服丧为由，婉拒，康熙为陈家大院赐字、赐名。陈忘机不愿再留在康熙身边，决意离开，离开前警醒陈廷敬康熙会将他夺情起复，之后留字飘然远去。康熙拿陈忘机没有办法，却借机将陈廷敬夺情起复。康熙走前要求陈壮履回京继续为官，但陈壮履为了汤福慧决意放弃，陈廷敬劝他稍安勿燥，会找机会先和康熙说。陈廷敬回京前，先起复了郭秀，之后和郭秀分开行动，他先来到了京城。陈廷敬悄无声息堵了赵柳堂的路，将他请到了一处茶馆喝茶。明珠猜出康熙去了山西，命人去找莫尔根。茶馆中，陈廷敬点出赵柳堂在张汧案中所扮演的角色，劝他投靠自己当污点证人，连哄带吓，赵柳堂心中虽然惊惧，但还是甩袖欲走。陈廷敬却拦住了他，给了他一道锦囊，说锦囊中妙计关键时刻或许可以保他一命。赵柳堂嗤之以鼻，却没想到被躲在暗处的明珠府家奴看了个清楚。赵柳堂向明珠辞行，明珠最后请他喝顿酒，却在酒中下毒欲毒死赵柳堂，被赵柳堂看出来，两人撕破脸。明珠连夜搜查陈廷敬，却找不到人。赵柳堂按照陈廷敬锦囊中的计策，告诉明珠手里有他

古董行老板指认了赵柳堂的尸体，确认了他就是陷害张汧的人。康熙回京，索额图力证陈廷敬已经查出张汧案的关键证据，朝堂上索额图力荐陈廷敬起复，康熙借此机会起复陈廷敬和郭秀，陈廷敬再任左都御史，请明珠过堂重审张汧案，明珠完全否认和赵柳堂的关系，把罪责推了个一干二净。陈廷敬将赵柳堂、祖泽深相互勾结，陷害朝廷重臣之罪地大白于天下。康熙要陈廷敬把陈壮履叫进京，重新起复他，陈廷敬将汤福慧的事情告诉了康熙，并如实说出了自己和陈壮履的顾虑。康熙安抚陈廷敬，他自会解决，还要接回采薇和陈廷敬团聚。明珠知道皇帝此时起复陈廷敬，十之八九就是要利用陈廷敬对付自己。莫尔根终于回京，他告诉明珠汤福慧非但没死，还嫁给了陈壮履，成了陈廷敬的儿媳妇。明珠意识到自己的机会来了。采薇回到陈府，终于和陈廷敬一家团聚。陈廷敬上朝，明珠党羽科尔坤、弗伦等人集体参劾陈壮履娶青楼女子为妻，参陈廷敬治家不严，辱没朝廷。康熙要保陈壮履和陈廷敬，欲和稀泥，将陈廷敬罚俸禄半年，汤福慧易妻为妾。

皇贵妃病重，康熙以为皇贵妃祈福为由罢朝。索额图看出机会，要和康熙共进退。明珠不容康熙轻易揭过此事，让大臣上折子逼康熙做出决定，汤福慧为了不拖累陈家，前往大理寺击鼓自首，非但把所以罪责都担到自己身上，还把矛头都指向了明珠。康熙以汤福慧欺骗朝廷命官为由，要大理寺卿将其重判，陈廷敬父子罚俸三月。陈壮履要进宫求康熙放过汤福慧，反被陈廷敬软禁在家。采薇和王夫人去大牢探望汤福慧，三人痛哭，汤福慧确认了陈家安全后，当堂痛诉明珠的罪证。当着康熙的面，汤福慧再次描述了她所见过的，与明珠有过往来的大臣的模样，通过画师呈现在了纸上，汤福慧怒骂康熙信谗喜优，被康熙认为是个祝害，命李玉将汤福慧赐死。陈壮履得知汤福慧死，怒闯天牢，被打晕。

郭秀审蔡亦荣，逼问他抄没吴三桂家产，纳吴三桂孙女为妾的事情，蔡亦荣咬死不认。余国柱看出明珠事败，疏远他。明珠堵到余国柱，告诉他陈廷敬手里根本没有账册，一切都是陈廷敬做的局，余国柱担心蔡亦荣曾送五万两银子给科尔坤，会连累明珠。大朝会，明珠突然自陈罪名，当庭痛数自己十大罪状，并且指认在场全部朝臣，皆为自己党羽，请求死罪。明珠突如其来的举动，让康熙和陈廷敬都没有想到，满朝文武大乱，喊冤的乱成一团，陈廷敬知道自己中了明珠的计，康熙只好忍怒安抚明珠。余国柱、科尔坤与十几名党羽连夜开会，安抚他们这就是明相的计策，明珠出现连哄带吓，安抚众人。科尔坤担心蔡亦荣出卖自己，明珠暗示自己会杀蔡亦荣，救科尔坤。明珠要党羽不停上折子互参，逼康熙低头，康熙命陈廷敬尽快调查明珠的罪证，平息朝堂之乱。明珠让党羽到乾清宫喊冤，在乾清宫外闹成一团，科尔坤给御史出主意以死明志，御史撞柱的消息传到康熙耳朵里，康熙的怒火再也压不住，让陈廷敬把明珠党羽全部下狱。蔡亦荣饭里被下毒药，被郭秀识破，蔡亦荣大怒。乾清宫，陈廷敬向群臣立下军

明珠一入宫就被囚禁在武英殿，索额图亲自看守。余国柱和科尔坤等党羽商量为自己打算，准备在适当的时候抛弃明珠。明珠在武英殿想起鳌拜的下场，心中害怕。索额图出现陪明珠喝茶，劝明珠自首。陈廷敬找上余国柱等人，抓走科尔坤，告诉其他众人明珠进了宫，康熙亲自审，如果他认罪众人则都能脱罪，如果明珠安然出宫，而余国柱等人就必须要下大狱。六个时辰内，谁都不许离开半步。六个时辰满，明珠出宫。余国柱等人看到明珠出宫，以为明珠认罪，科尔坤终于认罪，供出明珠。余国柱失去理智，愤恨逼问明珠。却正好被郭秀等人听到，记录在案。陈廷敬向康熙汇报，康熙要他只拿明珠和科尔坤，但要保住余国柱，陈廷敬不肯留下余罪，违抗康熙的命令，把余国柱等人拿下狱。