816航班上，一切都正常，没有发生坠机。Jack在飞机上遇见了Des，但是Des很快又不见了。Charlie被发现在卫生间里吸毒，被警察带下飞机。Kate借故打晕了押解自己的警官，跳上Claire乘坐的计程车逃掉了。Locke的背包不见了，里面全是小刀。韩国夫妇因为携带大量美金，被机场扣押。其他人都安全的离开了LA机场。

Jack被机场告之父亲的棺材不见了，并且不知道到底在哪。头领是一个日本人Dogen，日本人知道是Jacob让众人来的，决定救治Sayid，将他放进泉水里，但最终还是未能救活Sayid。Miles和Sawyer也被抓进了世外桃源。当日本人被Hurley告之Jacob已死，立即命令所有人进入戒备状态，发信号弹。突然间，Sayid又活过来了。

Kate送Claire去准备收养Aaron的那对夫妇家，结果这对夫妇因为离异放弃收养孩子。Kate将临产的Claire送进医院后离开。岛上，Sayid被救活后被Others用电击用烙铁烫进行测试。Sawyer趁机逃出了神庙。

Locke被炒鱿鱼，结果遇见Hurley，帮助自己找了另一份工作代课老师，但在整个过程中，岛上的人纷纷出现在了Locke的生活中。岛上，Ilana是Jacob的保护者们的唯一幸存者，她带着Sun和Frank将Locke的尸体埋葬后，准备前往神庙。

Jack帮助母亲找到了父亲的遗嘱，上面提到了Claire的名字。Jacob的灵魂告诉Hurley带Jack离开神庙，去灯塔。在灯塔上有几面镜子Jack发现当刻度对准罗盘上自己的名字处，镜子上能显示Jack在美国家中的影像，一气之下的Jack将镜子砸毁。

Sayid来到Nadia家中，奇怪的是Nadia嫁给了Sayid的哥哥，并有2个孩子。Sayid的哥哥借高利贷被打伤住进了医院，Sayid干掉了高利贷的头目，却在仓库里发现了被绑着的Jin。黑烟袭击了神庙。Ilana、Sun、Frank、Ben也来到神庙，带着Miles从密道逃走。

Ben在中学教书，Alxe是Ben的学生，Ben为了推荐Alxe能就读耶鲁大学，放弃了当校长的机会。岛上，Ilana、Sun、Frank、Ben来到了幸存者们曾经居住的海滩。Miles告诉Ilana：Jacob是被Ben杀死的。Ilana将Ben锁在树上，让Ben自掘坟墓。

Sawyer和Miles是一对警察拍档。Sawyer到处查找Anthony Cooper的下落，却意外将正在逃跑的Kate捉住。岛上，Sayid变得木纳，亲眼看见Claire准备杀死Kate（因为Claire觉得Kate不应该带Aaron），却无动于衷，Locke及时阻止。

黑岩号遭遇暴风雨，被浪花卷上了小岛，撞碎了小岛上的石雕像。船上除了Richard，其他人都死了。被锁在船上的Richard被一个黑衣人救了下来。黑衣人告诉Richard，如果杀死住在雕像下面的人就可以见到自己的妻子。Richard来到雕像下遇见了Jacob。Richard被Jacob制伏后，被告知：小岛就是唯一能阻止黑暗势力扩散的方法。

Jin因为没有将自己带在身上的2.5万美金申报海关，被没收。Sun和Jin在酒店准备私奔，却被一伙人带走，Jin被关进仓库。原来Sun的父亲知道二人准备私奔，2.5万元就是让这伙人绑架Jin的酬劳。不料，Sayid出现将这帮人干掉，并放了Jin。在打斗中，Sun意外中枪。

Widmore将Des放进一间充满磁场的房间做试验。试验中的Des看见自己成为了Widmore的得力助手，但是却不认识Penny。Widmore让Des去保释Charlie，因为Eloise要给儿子Dan开生日聚会。因为Charlie的出现，Des脑海中出现很多关于Penny的片段。

Hurley去相亲，结果遇见了Libby，Libby告诉Hurley：他们曾经一起坠机、相爱，但是Hurley什么也不记得。二人到海滩野餐，Libby亲吻了Hurley，Hurley渐渐地回忆一些片段。Des开车将坐在轮椅上的Locke撞到在地。

Locke和Sun同时被送进Jack的医院，Sun脱离了危险。Miles和Sawyer捉住了准备逃跑的Sayid。Des带Claire去见律师Ilana。Jack带着David也去见Ilana宣布父亲的遗嘱，Jack才知道Claire是自己同父异母的妹妹。Jack回到医院给Locke做手术。

岛上，Sawyer等人被Widmore关进了铁笼。昏迷的Jack被Sayid和Locke带到了九头蛇岛，醒来后跟随Sayid救出Sawyer等人。Locke只身前往飞机处，拆下了装在飞机上的诈药后告诉Jack等人：飞机上肯定还有诈药不能飞了，只能坐潜艇。Sawyer带领Hurley、Frank、Sun、Jin、Sayid进入了潜艇。

很久很久以前，一个孕妇名叫Claudia因为船失事，被海水卷到了小岛的海滩上。Claudia醒来后遇见一位老妇。老妇带着Claudia回到自己的住处（山洞），Claudia在洞里生下了一对双胞胎男孩，哥哥叫做Jacob，弟弟（以前出现的黑衣人）的名字Claudia还没想好。Claudia在分娩完后，被老妇用石头砸死。

岛上，Jack、Sawyer、Hurley、Kate游回小岛后，Jack决定去寻找Desmond。途中，四人见到Jacob的灵魂。Jacob要四人中一人自愿继承自己，继续保护小岛，Jack自愿。Jacob让Jack喝下一杯水后，告诉Jack光源在什么地方。Richard、Mileѕ、Бen来到Ben以前的住处拿诈药，遇见了Widmore和他的助手。

Hurley带着Sayid去找Charlie，Hurley将Charlie麻醉后送到音乐会的后台。Sayid遇见Shannon和Boone，三人都恢复了记忆。原来Jack的妻子（David的母亲）是Juliet，Jin和Sun在医院遇见了Juliet，恢复了记忆。Juliet遇见Sawyer，二人也恢复了记忆。

Jack让Hurley接替自己继续保护小岛，在Hurley和Ben的帮助下，Jack救出了Desmond，重新启动了光源，小岛恢复了正常。Jack醒来后躺在溪边，蹒跚地走到竹林里，倒下后看见飞机从天上飞过，欣慰地死去。教堂里，Jack的父亲Christian，告诉他：实际上，815航班在掉到小岛的那一刻，所有人都已经死了。