北宋仁宗年间，汴京每有奇案发生之时，号称“大宋第一聪明人”公孙策便会出现在现场。 “大宋第一聪明人”不是包拯吗？原来包拯已经失踪两年，下落不明。三年前和谈金被盗，宋辽议和一事一直搁置，皇上委派公孙策前往边境双喜镇议和，大辽南院枢密使萧军却离奇丧命于此，一家妓院里，公孙策与展昭竟意外发现包拯。

原来包拯已经失去记忆，他在妓院和一帮姐妹成为好友，因爱吃大包子而被戏称为“大包”。厨子小蛮总是欺负大包，两人成为欢喜冤家。双喜镇县官安国泰同样离奇被害。辽国限定公孙策在规定时间内破案，否则进攻双喜镇。失忆的大包误打误撞帮公孙策破了案。

公孙策和耶律俊才设下圈套，很快发现西夏派来潜伏于大宋境内的王海霸便是凶手。可大包的意外发现，又使安国泰的死因现出新的疑点，凶手又成为一个谜。种种猜测之后，公孙策为刺激包拯，故意怀疑厨子小蛮是杀人凶手，而大包坚信小蛮无辜。为救小蛮，包拯答应一天之内找出真正的凶手。

尽管对手布局精妙，大包还是找出了萧军和安国泰的真正死因，但却没能找出真正的凶手。为救小蛮，包拯居然说自己便是凶手。离辽军限定破案的期限越来越近，驿站后院又发现一具死去多年的男性遗骨，看似和之前的杀人案没有关联。可尸骨如此巧合的出现在这样的时间和地点，会不会成为破案的关键？

官兵万吉祥又被杀害。种种猜测之后，因盗窃和谈金在三年前被处死的马兵被疑为凶手，他究竟是死是活并没有人敢下断言；同时，公孙策也没能发现接连三个不相关的命案之间有何关系。离破案的最后期限还剩一天，真凶依然逍遥法外。此时，又有人被杀的消息再次传来。

嫌犯王海霸在狱中被杀，看守他的衙差也同时被害。展昭发现重要线索，公孙策根据种种现象推断妓院老板黄乐是凶手，不料此时，黄乐自杀身亡，被认为是因暴露身份而被灭口。耶律俊才认为没有足够证据证明黄乐是凶手，包拯又争取到了一天的破案时间，关键时刻，又有新的线索出现。

耶律俊才决意要攻打大宋，公孙策在营中陪耶律喝酒企图稳住他，同时私下安排转移双喜镇居民；另一方面大包继续努力寻找真凶。当包拯离真相越来越近的时候却被不明身份的黑衣人打晕，辽军大举进攻，千钧一发之时庞太师之子庞统带军赶到……危难关头，包拯醒来，并且阴差阳错恢复了记忆。

经过周密分析，包拯终于找出真凶，原来凶手一直隐藏在妓院里，并设计了这一系列的杀人圈套。包拯同时查出了当年和谈金失窃的内幕，一系列的连环案水落石出。

在事实面前，马回峰终于承认了所有的罪行，最后大彻大悟，对自己所做的一切后悔不已，自杀身亡。包拯虽恢复记忆，可始终不能想起自己是如何失去记忆、如何被扔到京城之外的。厨子小蛮不舍“大包”，跟随包拯来到京城。一回京城，包拯便被召进宫，包拯巧妙应对庞太师刁难之后，皇上仁宗亲自召见。

皇上委派包拯寻找“天芒”的秘密。包拯和分别两年的包大娘相见。受皇帝之命，包拯、公孙策、展昭和女扮男装的小蛮一同前往迦叶寺迎接东瀛使团及其带来的藏有天芒秘密的“三大神器”。三大神器让整个寺院充满诡异，包拯直觉会有危险发生。而展昭巧遇师伯长水大师。

长水大师意外死去，被认为是神器的诅咒。寺院僧人对长水大师的离去悲痛不已。面对似乎没有任何线索的案发现场，包拯手足无措，难道真是“三大神器”杀人？事后不久，寺院里又有人被杀，刚接过长水大师袈裟的无忧大师也神秘死去。现场和长水大师颇为相似，似是一个凶手所为。

展昭被派去跟踪东瀛小忍者小狸，两人“不打不相识”。长水大师和无忧大师死去后，可以接替他们位置的无止被怀疑是凶手，然而在和包拯一番坦诚对话之后，两人有了朋友的默契。包拯、小蛮、公孙策一群人下山找大包子吃，在一系列意外的启发下，包拯对案情有了新的推断。

种种谜团之后，包拯查出东瀛来的少将军是凶手，证据面前，少将军并不认罪，反而指出包拯判案的几个破绽所在。正在此时，传来从东瀛来宋的一孽大师被杀的消息，他的徒弟小狸伤心不已，展昭一直陪伴在她身边。一孽大师的死和前两宗案件有许多相似之处，包拯绞尽脑汁却并没有找出真凶。少将军要血洗迦叶寺，公孙策带兵及时赶到。

双方僵持之际，少将军的父亲——大将军到达迦叶寺，限期包拯两天内破案。一直在迦叶寺的将军夫人——少将军的母亲被疑为凶手，正在此时，夫人却被杀害。包拯和公孙策查出夫人是中毒而死之后，真凶依旧没有现身。案情越来越复杂，包拯在一团乱麻之中几乎失去信心。

包拯和大将军的精心设计使凶手露出破绽，在事实面前，少将军不得不认罪。一切表象之下，一个凄美的爱情故事被揭露出来，少将军同父异母的弟弟在寺院里潜藏多年，少将军一心想找出弟弟并杀死他。想不到看似真相大白的背后，一直隐藏着另一个同谋，竟然是两个人联手制造了这四起血案。

包拯找到了真凶，真凶却为了救大将军而死，少将军也跳下悬崖……大将军发现了包拯寻找天芒秘密的用心，用优厚的条件“诱惑”包拯赴东瀛辅佐其治国。不经意间，包拯发现了“三大神器”中隐藏了和“天芒”相关的秘密。

大将军带领东瀛使团带走了三大神器。皇上得知包拯获知了一些天芒的秘密之后，命包拯立刻出发继续探寻。包拯想尽办法仍无法摆脱小蛮，四人又一起上路了；不料却迷路进入一片森林，遇到许多奇怪的人和事。意外得知当地巡抚大人刘义离奇地死去的消息，包拯等人决定去看个明白。

据说刘义的死和西陵王的脸谱有关系，刘夫人思夫心切，悬赏重金寻找能够把刘义之灵带回阳间的祭灵人，以藉丈夫亡魂。在灵术比赛中，江湖道士们破绽百出，而住在刘义家的天问姑娘却用“读心术”让在场众人心服口服。

刘夫人心愿已了，欲将脸谱和刘义一起下葬。谁知富商钱并早对脸谱垂涎已久，于是偷了脸谱给自己戴上，怪事又发生了，钱并好像着魔一般发疯了，并且和刘义用了几乎一样的方法自杀了。公孙策和包拯解剖尸体时，发现一些疑点，最后他们怀疑地方将军高甲是凶手。

展昭和高甲交手，险胜。高甲寻机偷了脸谱，随后和刘义、钱并一样，几乎用同样的方式在相同的地方自尽了；死之前，高甲劫持了包拯。包拯在和高甲接触时发觉高甲好像活死人一样，包拯恐惧不已。尸检时，同样有一些疑点出现。公孙策突然想明白了许多问题，发现天问姑娘原来根本不懂法术。

天问姑娘被揭穿身份，她原名小风筝。公孙策和小风筝在一次次“交锋”中成为欢喜冤家。离限定的破案日期越来越近，包拯仍然没有任何头绪。小蛮为包拯忘了自己的生日而耿耿于怀，郁闷之际在集市上看到庞统，悄悄跟了上去。包拯、公孙策、展昭和小风筝在森林里遇到了西陵族人。

西陵族人并没有伤害包拯等人，用香草让他们在做梦时看到了埋藏在自己内心深处的想法。有人跟踪庞统并意图暗中刺杀，却意外弄伤了小蛮。戴着西陵王脸谱的人再次出现，差点伤到包拯和小蛮。被刘夫人指认抢走脸谱的丁函被烧死在一间密封的小屋里，死因依旧是扑朔迷离。

包拯等人仔细分析了一遍案情，发现了越来越多的疑点，在一些线索的提示下，他们离真相越来越近。重新检验丁函尸体之后，包拯发现了真正的死因，不过凶手是谁、杀人动机等等一系列的问题依旧是谜。公孙策和小风筝也开始逐渐的了解对方的优点，感情更加深厚。

神秘的黑衣人出现，把包拯推下悬崖，下落不明；小蛮为找包拯甘愿舍弃自己的性命。庞统突然戴着西陵王的脸谱出现了，和展昭打得不分上下。大难不死的包拯竟然意外发现了许多线索。从丁函被杀之谜开始，案情的真相逐渐浮出水面。在众人感叹之余，包拯把矛头指向了刘夫人。

在场众人均不相信刘夫人是凶手，更另人吃惊的是，庞统和刘夫人曾经有过一段亲密的感情，案情愈加扑朔迷离，而真相却另人大吃一惊：刘义并没有死去！包拯揭开了整个脸谱的秘密，他们继续踏上了寻找天芒的道路。

小风筝不辞而别，包拯等人来到凤凰村，竟然在这里遇到了前太医令雪医金匮。金匮有病在身，可仍然有高超的医术……小风筝和爷爷封大居然扮成了郡主和王爷来找金匮看病，意外遇到了公孙策。

小风筝感激公孙策没有揭穿她的真实身份。正在大家为得到《金匮医术》一书而勾心斗角时，金匮的女弟子二白却意外失踪，众人看到是凤凰的影子带着她的影子走了，大家惊呼“凤凰勾魂”了。包拯发现二白一直深爱着大师兄大椎，并有了他的孩子。为得到《金匮医术》而抛弃二白的大椎有最大嫌疑，大椎死不承认。

大椎随后也在“凤凰勾魂”出现时离奇身亡，金匮受到如此重大刺激，病情也加重。原来两年前，金匮带着三弟子三阳和最小的弟子如心来到这里治好了当地百姓的瘟疫，深受爱戴。可是随后如心的失踪深深刺激了金匮，他大病一场不再记得如心。

包拯一行人在查案的过程中发现金匮的管家关门在秘密跟踪他们。包拯找到了案件的关键线索，公孙策也查出了两人的死因。原来三阳在这些人死后就能得到《金匮医术》一书，在确凿的证据面前，三阳虽然被断定为真凶，却仍然难逃 “凤凰勾魂”的命运，在牢里遇害，死因和大椎、二白相似。

小风筝又一次不辞而别让公孙策有些失落。包拯突然意识到之前对案情的推断是错误的，他们又重新回到了凤凰镇，包拯当众揭穿了“凤凰勾魂”的秘密，并指出真正的凶手是金匮，却没有人相信这个事实。

包拯一行人继续踏上了寻找天芒之路，庞太师派出征西将军张西打着保护的名义来监视包拯等人。庞太师更是软禁了包大娘，限保证五天内找到天芒。包拯破解出了天芒所在地，路上他们又遇到了高丽太子智源，小风筝和封大、辽国南院大王耶律文才、东瀛忍者等人相继出现。

包拯他们浩浩荡荡来到一个道观，在这里，有一个秦将军的传奇故事被描述得活灵活现。正在大家将信将疑之际，不死的兵团秦将军复活的故事再次上演，闹得人心惶惶，却没人明白其中究竟。皇上仁宗为了不让庞太师得到天芒，情愿将寻找天芒的大事公布于天下，引得天下大乱，各国都派出了能人干将要在最短时间内找到天芒，一场争夺天芒的大战即将展开。

张西被一枝青铜的弩箭刺死，旁边还有一个没有眼耳口鼻的晴天娃娃，凶案现场布置得像是秦将军复活杀人。经过包拯、公孙策等人对案情一番分析之后，人人都貌似可疑，却又找不到真正的凶手。包拯预感到还会有人陆续死去，而这一切都是因为争夺天芒所致。

找天芒时，包拯等人发现两具死了几百年的骸骨，旁边还有传说中的将军的头发，天芒和将军的复活成为越来越神秘的谜。小蛮的表现也越来越奇怪，她究竟是谁？为了救包大娘，小蛮情愿嫁给庞统。在沙漠里遇到的女子若水的提示下，包拯发现了天芒所在的秘密。而正在此时，包拯和公孙策眼看着封大死在了传说中三大神器和天芒的铸造者徐将军的剑下。悬念逐渐增加。

包拯坚信凶手就在这些人当中，小蛮若有所思地给若水交代了很多事，要把包拯托付给她照顾。而另一边，辽国南院大王耶律文才要和公孙策单独比试，他们约定用一天的时间，看谁先查出封大被杀的原因，输的一方就自动放弃对小风筝的追求。

小风筝心中对公孙策念念不忘，而小蛮同样也放不下包拯。随着时间的缩短，包拯更加急于找到关乎“包大娘性命、皇帝宝座和社稷安危”的天芒。在小蛮提示下，包拯带着大家找到了咸池所在，离天芒又近了一步。封大的死，公孙策也找了些许线索。而随师公半藏来寻找天芒的小狸偷偷告诉展昭，她怀疑半藏是杀死封大的凶手。

公孙策将整个封大被杀的过程破解得清清楚楚，可是被他怀疑的凶手——半藏和表面是辽国大将实为西夏汉奸的高深都相继被杀。小狸失去师公半藏后，展昭一直陪伴在她身边。未几，一场意外的地震将天芒埋在山中，包拯反而感到高兴，他希望这场天灾让天芒远远消失。

包拯也越来越多的意识到小蛮对他生活的重要性，开始发现自己根本离不开小蛮，也离不开小蛮的“大包”，嬉闹中，他发现小蛮有六个脚趾头。包拯发现，秦将军复活的故事、还有张西、封大的死都是他们在小镇遇到的一个极为风骚的饭店老板娘青莲所为。青莲是一个弱女子，为什么要杀人？

青莲承认所有的被害的人是自己杀的，可包拯并没有就此罢休，真相终于水落石出，原来真凶另有其人。青莲是若水儿时的好朋友，因此这次特意回来帮助她保护天芒。若水带着不舍,了结了自己的生命。经历种种磨难之后，包拯终于找到了天芒。

包拯带着天芒回到京城，交到皇上手里。正当包拯察觉到自己对小蛮的感情时，小蛮却被杀害了，天芒也被盗。包拯离奇发病，太医诊断说最多还能活三天。公孙策查出杀死小蛮凶手竟是庞统。为揭开真相讨回公道，公孙策和包拯冒着丢掉性命的危险开庭审案，庞统并不认罪。

包拯昏迷不醒，庞太师父子却有造反的预谋。梦境中，小蛮来到包拯身边，最终把他唤醒。包拯终于康复，要亲自开庭审庞统。庞统依然不认罪，并把嫌疑推到了小风筝身上，小风筝被关进大牢。公孙策开始感觉到小蛮的死背后蕴藏着一个大阴谋，包拯和公孙策来到小蛮被害的现场，从头开始对案件进行调查。

在案发现场郑王府，包拯总有一种似曾相识的感觉，可他却解释不清。情况更加危急，四大将领带着兵马来参加皇上婚礼，庞太师夺权之心表露无疑。郑王被行刺，刺客竟是仁宗身边的太监忠义，难道忠义是杀害小蛮的凶手？庞太师暗示包拯所有的事是儿子庞统所为。即将成为皇后的柴郡主此时病重。

庞统兵临城下，包拯不负众望，所有的谜底真相大白，他成为惟一一个可以左右结局的人，压力全压在了他身上，包拯举棋不定……皇帝仁宗和庞统都接到传讯，包拯要在太庙对小蛮被杀一事进行公审。包拯请出了代表大宋万事基业之始的太祖黄袍，皇上下跪了，真相即将揭开。

包拯指出了庞统阴谋篡权之罪，同时也指出杀害小蛮的真凶，众人哗然。包拯说出天芒的秘密，两年前包拯意外失踪并且失忆的事也真相大白，所有的一切都是一个精心策划的阴谋，包拯和小蛮不过是其中一颗棋子罢了。

包拯说出天芒的真相，城外却传来辽兵入侵的消息，庞太师主动请缨带兵出战……最终，所有的矛盾冰释前嫌，公孙策、展昭、小风筝、包大娘等等，每个人都选择了一种自己的想要的生活方式继续生活，但包拯却离开了大家。