顺治十六年。从小生在深宫中的玄烨因自小缺少父母的疼爱，形成了天马行空我行我素的叛逆性格，再加上顺治对董鄂妃及董妃之子荣亲王的过分疼爱更是忽略了其他皇子。从小玄烨为引起皇阿玛的注意处处惹祸，哪知顺治对他更是不屑一顾。玄烨从小由孝庄教养，孝庄对玄烨的期望甚高。玄烨在课堂上不务功课，爱闯祸的他时时受罚。紫禁城中只有与自己从小一起长大的冰月格格和陪读曹寅感情最好。

朝中大臣对于耿继茂的异常举动警惕慎微，军队在城门设防。耿继茂因无兵部手谕私自离开藩地，触犯了律法，被带入大殿审讯，玄烨也一同前往。耿继茂为表忠心，自愿为儿请死，鳌拜乘机提出撤藩之意，被耿继茂巧言驳回，并再次提出向苏克萨哈赔偿白银十万两，以求朝臣一团和气，顺治顺水推舟，又念耿继茂有悔过之心从而赦免了耿聚忠的罪，并将其赐予玄烨为伴读。同时为安抚苏克萨哈顺治将其子升官，事情终告一段落。

顺治十六年。从小生在深宫中的玄烨因自小缺少父母的疼爱，形成了天马行空我行我素的叛逆性格，再加上顺治对董鄂妃及董妃之子荣亲王的过分疼爱更是忽略了其他皇子。从小玄烨为引起皇阿玛的注意处处惹祸，哪知顺治对他更是不屑一顾。玄烨从小由孝庄教养，孝庄对玄烨的期望甚高。玄烨在课堂上不务功课，爱闯祸的他时时受罚。紫禁城中只有与自己从小一起长大的冰月格格和陪读曹寅感情最好。

朝中大臣对于耿继茂的异常举动警惕慎微，军队在城门设防。耿继茂因无兵部手谕私自离开藩地，触犯了律法，被带入大殿审讯，玄烨也一同前往。耿继茂为表忠心，自愿为儿请死，鳌拜乘机提出撤藩之意，被耿继茂巧言驳回，并再次提出向苏克萨哈赔偿白银十万两，以求朝臣一团和气，顺治顺水推舟，又念耿继茂有悔过之心从而赦免了耿聚忠的罪，并将其赐予玄烨为伴读。同时为安抚苏克萨哈顺治将其子升官，事情终告一段落。

在孙嬷嬷的照顾和三位好友的陪伴下玄烨大病而愈，逃过了一刧。病愈后的玄烨与冰月感情更为深厚。顺治由于董鄂妃的病重暴怒异常，连孝庄太后也无暇多顾，更是迟迟不肯召回玄烨。董鄂妃病逝，顺治伤心欲绝身染重疾，在病入膏肓之时将玄烨召回宫中，众皇子于病榻前接受顺治弥留叮嘱教诲，玄烨心痛不已却始终无法面对顺治。

顺治对于安亲王的推辞无可奈何，但仍然坚决从兄弟，于是召满汉两大学士麻勒吉、熊赐履于榻前草拟遗诏。孝庄情急之下找到汤若望，希望请他出面劝阻皇上改其意愿。汤若望及时进谏皇上，一番利弊分析令顺治开始摇摆不定。顺治召二皇子福全和玄烨入宫，想考核两人的才学，玄烨语出惊人，见解独道，此时恰逢边关文书上奏，玄烨果断而精辟的判决令顺治对其刮目相看，不得不重新审视这个曾经被自己冷落的皇子。

顺治对于安亲王的推辞无可奈何，但仍然坚决从兄弟，于是召满汉两大学士麻勒吉、熊赐履于榻前草拟遗诏。孝庄情急之下找到汤若望，希望请他出面劝阻皇上改其意愿。汤若望及时进谏皇上，一番利弊分析令顺治开始摇摆不定。顺治召二皇子福全和玄烨入宫，想考核两人的才学，玄烨语出惊人，见解独道。

玄烨为自己被人摆布而不能自己作主依然无法释怀。此时前线传来绿营水师捷报，孝庄还未来得及嘉奖却被康亲王捷足先登，提早以亲王身份犒赏汉军，而其真正目的实为自己赢得八旗及汉军军心。至此八旗满臣都已被康亲王拢络，孝庄将最后一丝希望寄托于索尼身上，而孝庄未来得及造访索尼便传来了平西王吴三桂领兵进京的消息。

玄烨一下子从皇子跃升为皇帝身份，本不情愿做皇帝的玄烨毫无悦色，向聚忠等三人表示希望以后会将自己相待如前，不必拘于君臣之礼，为的是不想失去唯一的朋友。孝庄对吴良辅曾经做过的事心知肚明，新主风波过后便将其赐死，康亲王等人也因此谨言慎行，有所收敛。

玄烨和聚忠冰月等人出宫游玩时偶然邂逅了江南名士陆健，两人一见如故，谈话之中陆健对当今之世的精辟见解及独到的治国之道令玄烨受益颇多，陆健也对玄烨的气度与才华深为赞赏，二人就此结下忘年之交，玄烨更在第二日再携聚忠曹寅毅然拜陆健为师。在以后的一段日子，玄烨便常常带着两位好友偷偷出宫受教于陆健，孝庄心知而不点破，顺其自然。

第二日，辅臣在早朝之时提出明史奏折一事，并乘机将此案交由三司会审，迫使汉臣不得不严办。孝庄为求朝中满汉之间的平衡作壁上观。汉臣气势低落，正无可奈何之时，熊赐履突然间想到江南好友陆健曾偶然提到的两位人中少年，早起疑心的熊赐履找到陆健，告之两人的真实身份，希望借陆健请出皇帝为汉臣扳回颓局。师徒两人坦诚相对，玄烨欲请陆健入宫为师，不想陆健竟牵连进明史一案中。

玄烨深夜召鳌拜商议明史一案，希望此案能就此打住，鳌拜立场坚定，执意要严惩到底。此时皇太后病重。深夜安亲王进宫向孝庄诉说王府捉拿陆健的前后原委，被玄烨撞了个正着，两人误会也越来越深。玄烨想请求孝庄帮忙却还是无计于事，还与孝庄的关系闹僵。憋了一肚子怨气的玄烨心有不甘，回到寝宫大发脾气，与聚忠冰月等人闹得不欢而散。

李令哲的出现令汉臣措手不及，汉臣们个个黔驴技穷，只得怨天尤人。迫于形势汉臣们不得不一起倒戈，请求严办明史一案，并同时称病避朝，也为求能够明哲保身，玄烨为此怨声载道，失落至极。孝庄到狱中探望陆健，说服其以身殉国，成全帝皇的稳定统治，也能就此了结明史一案，以平息天下之乱与朝中的满汉之争。

由于长时间的大雨涟涟，导致洪水泛滥，河南豫北一带发生瘟疫，死伤不少，大殿之上各位臣工商议应对之策。汉臣主张派出钦差大臣前往灾区治理，而长年生活在关外的满人从未得过疫症，因此对汉臣的主张嗤之以鼻，不予理会。心中一直牵挂着瘟疫之事的玄烨对于瘟疫也是知之甚少，而书上对于其治愈之法也是鲜有记载。

京城里也开始了大雨涟涟的日子。冰月找到玄烨，两人在雨中说着心里话，两颗心也更靠的格外的近了。瘟疫蔓延得越来越广，涉及多省，再加上乘人之危者，不少受灾区已变得满目疮痍，一意孤行的鳌拜反对汉臣提出的封城建议，但即使封城却也为时已晚。终于，瘟疫蔓延至京城，辅臣遏必隆、定南王孔四贞相继染上瘟疫，染疾宗室大臣也有数人，众多染病者不得不被送至西郊皇陵禁闭养病。

玄烨和聚忠曹寅等人连夜冒着大雨赶到西郊皇陵，玄烨看着奄奄一息的冰月十分心痛，危在旦夕的冰月连太医也回天乏术，情急时刻，聚忠突然想到汤玛法，于是连夜快马加鞭去找汤玛法求救，汤若望在危急时刻及时带着从广州送来的西药金鸡纳赶去救人，冰月等人终逃过死刧。随着京城瘟疫的逐渐平息，事情也告一段落，几位辅臣也为此事引咎受罚。汤若望因在治理瘟疫中立下大功，玄烨甚为赞赏，也由此引来辅臣的不满。

汉臣心中对幕后主使已是明了，虽替汤玛法感到不平却也苦无良策。孝庄为求朝中君臣之间的平衡避而不出面，只是暗示汤若望辞官故里。首辅索尼的告假使朝政大权落于次辅苏克萨哈手中，苏克萨哈急于贪功，不顾孝庄太后之意在汤若望还未来得及辞官之前便将其捉拿关入大牢，等待礼吏二部的审讯。

汤若望接受刑部审讯，在审讯过程中龚鼎孳秉公审理，引起满臣官员的不满，此举也完全出乎辅臣的意料之外，玄烨此时方知龚鼎孳为官是看似为明哲保身，而实为默默无闻兢兢业业的后援干将。辅臣为把龚鼎孳从天算案中撤换掉，便又故技重施，在民间散布谣言诋毁龚夫人出身青楼，使作为朝廷官员的龚鼎孳名誉受损，借此逼其引咎辞职。

玄烨等人亲临审讯现场，不时在汤若望和杨光先的辩论之中巧妙斡旋，同时玄烨对审案方式提出质疑，认为审理天算案的主审官丝毫不懂天算，似有不公，于是提出在五日之后的天狗食日之日，以汤若望所代表的西洋时宪历和杨光先所代表的大统历以及回回历三种历法测试天狗食日的准确时辰，从而判定真假。

玄烨终于明白辅臣不顾一切地要除掉汤若望是担心皇帝亲汉远满以重蹈顺治朝的覆辙，便下定决心誓要为汤玛法翻案。殿审之时，大殿之上只有玄烨聚忠二人懂得天算，辅臣认为审讯似有利于汤若望，便使毒计称汤若望以反清迷信之法为皇族错误地选择葬期葬地，企图以天算之名谋害皇室，此举令玄烨措手不及，苏克哈萨哈乘势对汤若望大加诬蔑，与玄烨争锋相对，其目中无人毫不留情地言词终于激怒了玄烨。

苏克萨哈因天算一案士气大伤，在朝中受到其他几位辅臣的冷落。玄烨等人前去狱中探望汤玛法时得知半月之内京城恐有地震。送走冰月后的玄烨心有余悸，此时正为汤玛法五日后即将行刑而愁苦不已，无计可施之时突然想到了汤玛法预测即将在半月之后发生的地震，顿时心生一计。玄烨前去求助于孝庄，希望能将行刑之期延后，危急时刻孝庄突然为孔四贞公主赐婚，下嫁给孙延龄。

行刑之时，京城果然发生地震，行刑因此而被耽搁，玄烨想借天怒之名赦免汤若望的死罪，孝庄也暗示辅臣予以大赦，辅臣不甘心因此功亏一篑，虽将汤若望一干人等罪刑减等，却毅然由斩首改判降为自缢，汉臣们对辅臣的做法怒不可遏，陷入绝望。玄烨也终于忍无可忍，决定最后放手一搏，想出制造天意假借天意之名以迷信对迷信，以其人之道还治其人之身，于是偷偷命人放火焚毁了坤宁宫。

玄烨在听政之时不发一言，将朝政之事全权交由四辅臣作主，而鳌拜与苏克萨哈因镶黄与正白两旗职务发生分歧，同时索尼在早朝之时提出选秀事宜。鳌拜对自己所在的镶黄旗刻意偏袒使得玄烨聚忠等人颇有微词，却也因尚无实权而无法明言。玄烨带着聚忠等人微服出巡时在因缘巧合之下邂逅了索尼的孙女赫舍里氏芳儿，两位同样好强之人初次相遇难免偶有口舌之争，由此误会频生。

在秋围期间，心细缜密的芳儿读出玄烨思念妹妹的心思，被玄烨视为难得的知己好友。回宫后的第一天，由于孝庄的大寿将至，安亲王及冰月被召回宫中，玄烨兴奋不已。两人经历一场离别之后心拉得更近，冰月对皇帝哥哥的感情发生了变化，人也变得更加地心事重重和多愁善感，令玄烨和聚忠等人感到十分莫名。

多日见不着冰月心有所失的玄烨不仅受到聚忠莫名的责备，自己也迫不及待地想找冰月寻求解释，不想冰月在寝宫中沐浴之时恰巧被玄烨撞了个正着，玄烨也由此病了一场。孝庄得知此事后打算早日为皇帝选秀，而玄烨在经历此事之后才逐渐明白自己的心意，两人误会化解，感情也随之升温，更是超出了兄妹之情。兄妹俩不寻常的亲密关系引起了孝庄的重视，为保皇帝名誉只得又再一次将安亲王父女发回封地。

得知消息后的玄烨震惊不已，无奈太皇太后的懿旨已下，玄烨终不能挽回局面，使孝庄改变心意，再者碍于两人的兄妹名份，绝望之中的玄烨也不得不在皇位与整个国家之下屈服。心怀叵测的苏克萨哈唆使鳌拜自荐其女瓜尔佳氏为后，被孝庄驳回，两人落得个悻悻而归。得知此事后的玄烨表示宁可被辅臣们当作争权夺利的筹码也要找回冰月，于是不顾一切地再次去见冰月。

受命于孝庄的聚忠及时拦住了玄烨，两人兵戎相对。玄烨在将聚忠制服后终于见到冰月，并意欲带其回宫，却没有想到两人正一步步走进康亲王欲先设计好的埋伏之中。夜晚一行人在迦叶寺留宿，而寺中的僧人早已被康亲王收买，偷偷在玄烨与冰月的房间里点上了催情迷香，致使两人有了肌肤之亲，待聚忠赶到也为时已晚，聚忠心痛不已。

芳儿因为玄烨的任性之举而情绪低落，同时也甚为担心。玄烨的一意孤行令孝庄左右为难，此时又正受到宗室亲王的集体发难，孝庄与众亲王百般斡旋，无奈之下只有决定将冰月赐死。获知消息后的玄烨如五雷轰顶，不顾一切地赶去救冰月，半路上却遭遇到安亲王及侍卫们的阻挠，而得知消息的聚忠在情急之下领兵前往宗人府，并向玄烨请求赐婚欲娶冰月为妻，无可奈何的玄烨只得应允。

由于带兵私闯宗人府的罪责重大，各宗室王公大臣和四大辅臣连夜觐见孝庄太后，希望严惩有关人等，孝庄将聚忠等一干人重罚，却拒绝接受亲王提出的撤掉靖南王的藩王身份，正当双方僵持不下之时，索尼向孝庄提出赐婚一事，希望早日为孙女芳儿与皇帝完婚，原来这是芳儿为救危难之中的玄烨想出的一计。众亲王大臣虽有不满却也只能就此作罢。

失去了冰月之后的玄烨变得心中若有所失，整日沉默寡语，意气大不如从前，由于冰月一事也使得玄烨与聚忠两人之间有了隔阂。同时首辅索尼病了。大殿之上，鳌拜气焰跋扈，目中无人，大有一手遮天之势，早朝之时又提出了将镶黄与正白两旗换地一事，受到隶属正白旗的苏克萨哈严词激烈的反对，鳌拜便又提出了圈地，也受到了朝中不少大臣尤其是汉大臣的反对。

在与桑榆的相识之后，玄烨秘密向安亲王求证冰月亲生父母一事，得知冰月还有一位孪生妹妹，惊喜不已的玄烨意欲通过桑榆再续与冰月的未了情缘，于是便常常去水月庵与桑榆见面，因为冰月的关系玄烨也更是对她格外地关心，但却发现王登联与桑榆的关系非同一般。本不赞成圈地的玄烨也因为有着桑榆的缘故下定决心说服满臣禁止对直隶的圈地。

靖南王府中，冰月无意间从聚忠与曹寅的谈话中知道了有关桑榆之事，三人决定请皇后出面阻止玄烨，以免惹出事端。冰月也乘此机会偷偷与母亲相会并相认。皇后此时出面加以阻止却也是力不从心，玄烨执意要将桑榆接进宫中，皇后只得退而求其次，答应愿意接桑榆进宫并帮忙掩盖此事，没想到此时桑榆突然失踪，原来是桑榆之母在得知女儿与皇帝的这段偶遇之后感到事态严重，便带着桑榆慌忙出逃。

对于三位朝廷命官入狱一事，鳌拜以其妄议朝政有结党营私之嫌上奏，因其涉及到苏克萨哈所属正白旗的利益，也与之对驳于早朝大殿之上，玄烨不发一言，也因无法越权。朝中满汉大臣对鳌拜的专横跋扈甚为不满，却也只能忍气吞声。此时靖南王府突然失火，恰巧简亲王路过执意要带兵进府救火，桑榆因怕身份暴露而连累冰月等人毅然在府中自尽，无奈之下聚忠及冰月带着奄奄一息的桑榆于慌乱之中逃往玄烨处。

鳌拜与苏克萨哈之争以苏克萨哈失败而告终，苏纳海、朱昌祚、王登联三人被绞死，圈换土地依然实施。皇上喜得皇子，冰月为此伤心不已，心灰意冷的她烧掉了玄烨曾经送给她的三道空白圣旨，打算对玄烨彻底死心，一旁的聚忠对其加以宽慰。早朝之上，鳌拜与苏克萨哈之间的矛盾愈演愈烈，此时熊赐履提出请皇帝亲政之事，受到鳌拜的反对与训斥，众臣皆对鳌拜的专横跋扈敢怒而不敢言。

索尼终于当夜去世，悲痛之中的芳儿与玄烨惺惺相惜。索尼去世之前留下的遗书广泛流传于京城，百姓们对索尼的去世感到惋惜，也都纷纷议论皇帝亲政一事。苏克萨哈在早朝之中将索尼的遗书上奏，逼鳌拜辞退辅臣之职，朝中众大臣也皆乘势上奏请求皇帝亲政。三辅臣在面见孝庄之时，苏克萨哈再次奏请皇帝亲政一事，此时鳌拜被形势所逼，也觉大势已去无力挽回，终于应允与其他二辅臣还政于帝。

苏克萨哈被打入大牢，甘愿领死。此时玄烨终于决定向鳌拜正式开战，于是在乘狩猎之时秘密与安亲王岳乐会面，想请其返朝以笼络宗亲王室贝勒，以便在十日之后的祭天之日起事。安亲王看出玄烨对鳌拜的放纵乃是仿克断于鄢的郑伯，毅然回朝。此后一段时期内，索额图在朝中积极说服拉拢满臣，而聚忠则联络各汉大臣。

同时，玄烨命聚忠从其藩地福建调任五千精兵进京备战，以抵御边关回朝的兵马，鳌拜得此消息后即刻派人将聚忠捉拿入狱，使得福建五千兵马无人指挥，得此消息后的玄烨即刻召鳌拜进宫，却获知鳌拜装病在家，于是果断地带着曹寅和索额图等人前去探病，此举也令鳌拜措手不及。鳌府之中，两派由于鳌拜的见驾藏兵上演了惊心动魄的一幕。

另一方面，正当守城官兵屈于边关兵马的威势而不得不开城门之时，玛尔赛突然倒戈背叛了鳌拜，将边关将领刺死，同时索额图带兵攻入紫禁城，与纳尔杜等人展开激战。此举令鳌拜也是大感意外，但事已至此无法回头的鳌拜不得不背水一战，意欲擒下玄烨，由此与玄烨曹寅及众布库展开了殊死一战。危急时刻，一旁的遏必隆使出致命一击，毫无防备的鳌拜顿时败于下风，不得不束手就擒。

对于遏必隆的突然猝死，使得玄烨也未来得及下旨封赏。玄烨突然召聚忠与冰月进宫，几位故友回忆往事皆都感慨万千。正巧宫门外的一棵树被下旨砍掉，冰月内心甚为悲伤，原来被砍的是冰月小时候为玄烨种下的，顿时各人心中也都五味陈杂。其间玄烨催促冰月去给孝庄太后请安，事后令聚忠感到有些蹊跷。

此时，孝庄卧病在床，对玄烨此举颇为担忧。没想到自开战以来，由于吴三桂携复汉之名使得不少汉将纷纷倒戈投诚，再加上八旗入关之后久未出战，也使得八旗军力大大衰减，由此汉军一路得胜，不少城池陷落，安亲王也不得不被派往前线亲自督战。同时，不少地方土司及西藏蒙古等地也纷纷乘机起事，甚至提出裂土罢兵，而京城之中也是事故频发。

此时的康亲王认为图海定会兵败，便乘人之危落井下石，企图再次逼宫。虽然为出征西北征得的军饷未能如众臣认购之多，但皇后亦决定破釜沉舟，对图海寄予厚望。朝中不少大臣及王公对于战事的频频败退心急如焚，渐渐变得心灰意冷，也不得不考虑康亲王所提出的废掉玄烨以求裂土罢兵的建议，同时八位铁帽子王受康亲王之召也从盛京连夜赶往京城，得知此消息后的皇后为此也甚为担忧。

玄烨的四道诏书及重用汉军剿抚并用的策略令清军上下一心，很快扳回劣势，收复失地。此时耿聚忠带兵在仙霞岭驻扎，玄烨带着军队亲自前去迎战。两位昔日好友不得不兵戎相见，其间聚忠还带来了冰月母子俩，几位好友相见又是一番感慨。